После катастрофы самолета рейтинг Сесара Гавирии, обещавшего решительно бороться с Медельинским картелем, резко возрастает. Он без труда побеждает на президентских выборах. Эскобар любой ценой пытается добиться отмены закона об экстрадиции. Боевики картеля устраивают взрывы в людных местах, похищают и убивают родственников и друзей известных политиков и общественных деятелей. После похищения подручными Эскобара известной журналистки Дианы Турбай, дочери бывшего президента республики, Сесар Гавирия идет на переговоры с Эскобаром. Однако ходе полицейского рейда погибает и Диана Турбай. После этой трагедии президент Колумбии соглашается отменить закон об экстрадиции, прекратить преследование главарей Медельинского картеля и распустить специальную полицейскую группу по борьбе с наркомафией. На этих условиях Эскобар и его двоюродный брат Густаво Гавирия готовы сдаться властям и отбывать наказание в особой, специально для них построенной тюрьме с льготным режимом. Но начальник специальной полицейской группы полковник Горацио Каррильо выслеживает и арестовывает Густаво, а затем предлагает ему сдать правоохранителям Пабло. Густаво отказывается сделать это, и его убивают, якобы при попытке к бегству. Конгресс Колумбии отменяет закон об экстрадиции, а Пабло Эскобар, как и обещал, сдается властям.
Эскобар с сообщниками отбывает наказание в тюрьме Ла Катедраль, которая условиями содержания скорее напоминает шикарную гостиницу. В соответствии с договоренностью, полиции запрещено приближаться к тюрьме ближе чем на два километра. Но Стив Мерфи и его напарник Хавьер Пенья устанавливают слежку за контактами Эскобара, чтобы доказать, что Пабло продолжает руководить картелем из тюрьмы. Между тем сам Медельинский картель находится на грани развала: появляются новые лидеры, которые недовольны наложенным на них Эскобаром «военным налогом» и не хотят больше подчиняться прежнему боссу. Двух из них, Монкада и Галиано, Эскобар обвиняет в предательстве и убивает прямо на территории тюрьмы.
Боевики конкурирующего с Эскобаром наркокартеля Кали похищают агента Мерфи и пытаются шантажом склонить его к сотрудничеству. Власти используют убийство Эскобаром Монкады и Галиано как повод к ужесточению режима содержания заключенных Ла Катедраль. Войска окружают тюрьму и фактически устраивают ее полную блокаду. На переговоры с Эскобаром приезжает вице-министр юстиции Эдуардо Сандовал. Он требует, чтобы Эскобар согласился на перевод в другую тюрьму. Однако Паблито отказывается подчиняться властям и берет Сандовала в заложники. При штурме тюрьмы полицейскими спецподразделениями почти все бандиты уничтожены, а вице-министр остается невредимым. Но Эскобару и нескольким его подручным удается сбежать по заранее вырытому подземному ходу.
На свободе он возвращается к руководству картелем. Теперь Пабло лично собирает дань с членов картеля и жестоко расправляется с неплательщиками. Пострадавшие от действий Эскобара наркобароны клянутся отомстить за пролитую кровь. Раскол в картеле усугубляется. В Медельин вводят значительные силы войск и полиции. Эскобар дает понять правительству о своей готовности вернуться в тюрьму и отбыть срок до конца. Но президент Гавирия в выступлении по национальному телевидению заявляет, что категорически отказывается от переговоров с главарями наркокартелей, и назначает награду в 1,4 млн долларов за любую информацию, которая поможет поймать Эскобара.
Проблема колумбийских наркокартелей выходит на международный уровень. В преддверии президентских выборов правительство США присылает в Колумбию высокопоставленных военных для координации борьбы с Медельинским картелем. Главой представительства DEA назначается Клаудиа Мессина. Полиция выслеживает Эскобара и пытается его задержать. Но наркобарону опять удается сбежать. Он возобновляет террор.
Сесар Гавирия вновь назначает полковника Горацио Каррильо главой спецгруппы по борьбе с наркомафией. Полковник действует методами, часто выходящими за пределы закона, но зато очень эффективными. Полицейские задерживают нескольких боевиков Эскобара и предупреждают их об ответственности за сотрудничество с картелем, вербуя агентов. По наводке одного из них люди Каррильо совершают налет на одну из нарколабораторий, уничтожают готовую продукцию и оборудование, а также задерживают сотрудников лаборатории и их охранников.
Каррильо продолжает свои рейды. Опасаясь за свою жизнь, Эскобар пытается заручиться поддержкой прессы и рассылает письма с жалобами на незаконные действия властей в редакции ведущих газет и журналов. Но те их не публикуют. Инсценировав утечку информации, Эскобар заманивает Горацио Каррильо в засаду. Боевики наркокартеля расстреливают полковника и его людей в упор.