Только в 1942 году все владения ван Хеемстра были конфискованы, а имущество изъято. Но братья Одри пропали с самого начала войны. Ян отказался вступить в гитлерюгенд, и в отместку его отправили в трудовой лагерь в Германии (всю войну Одри с матерью не знали, жив ли он). Александр же, который служил в голландской армии, исчез сразу после капитуляции и примкнул к движению Сопротивления.
Хотя семья успела закопать в поле ценные вещи и кое-какие драгоценности, в её распоряжении остались весьма ограниченные средства, поскольку оккупационные власти заморозили банковские счета. Баронесса с дочерью переехала в домик без удобств на краю Арнема. В Голландии ввели карточную систему. Продуктов не хватало, дров тоже, и Одри с матерью из экономии протапливали только одну комнату в своём доме на Сиккеслаан.
Вдохновлённая королевой Вильгельминой, в выступлениях на «Оранжевом радио» призывавшей подданных к участию в Сопротивлении, баронесса ван Хеемстра посвятила ему всё своё время и силы. Одри тоже привлекли. Девочка доставляла шифрованные письма на велосипеде, спрятав их в башмаках. Легенда семейства Хепбёрн утверждает, что Одри даже была связной английских десантников, прятавшихся в лесах вокруг Арнема. Она стала звеном большой цепи.
Эпизод, пересказанный Робином Карни, превращает её в героиню: «Выполняя одно из таких поручений весной 1942 года, Одри узнала, что в том месте, куда ей надлежало отправиться, находится немецкий патруль. Однако ей удалось без помех добраться до места и передать послание. На обратном пути она рвала цветы. Как она и боялась, ей встретился немецкий солдат. Одри улыбнулась ему, как умела только она, и подарила собранный ею букетик цветов».
Её сын Шон подтверждал, что в 11 лет она перевозила шифровки для Сопротивления в своей обуви. Дети часто выполняли такие поручения, потому что пользовались относительной свободой передвижения, например, чтобы ходить в школу. «Однажды мне случилось передавать секретный текст, — вспоминала Одри. — Я засунула его в шерстяной носок, надела деревянные башмаки, села на велосипед и поехала».
Но девочка не сознавала, что её поведение — геройство. «Всякий патриотично настроенный голландский школьник внёс свою небольшую лепту. Многие были гораздо храбрее, чем я. Никогда не забуду тайное общество, называвшееся “Гёзы”, которое убивало нацистских солдат одного за другим и сбрасывало трупы в каналы. Нужно было обладать немалым мужеством, чтобы это делать, многих подпольщиков немцы схватили и казнили. Вот им и надо ставить памятники и давать медали», — скромно говорила она.
Консерватория Арнема, в которой сновали дети, служа отличным прикрытием, была опорным пунктом Сопротивления. Хотя достать балетки и пачки стало нелегко, Одри добросовестно продолжала заниматься и участвовала в множестве концертов и балетных спектаклей, которые неутомимо организовывала её мать.
Изюминкой этих спектаклей была Одри, которая сильно вымахала, но осталась худой из-за недоедания. В июле 1941 года один критик писал о представлении, данном учениками школы Маровой в театре «Музис Сакрум»: «Поскольку все балерины только в начале своего пути, не будем называть имён, за исключением Одри Хепбёрн. Хотя этой девочке всего 12 лет, она выделяется своей индивидуальностью и собственной манерой исполнения. Она танцевала “Серенаду” Мошковского в собственной хореографии». Годом позже тот же критик снова отмечал: «Одри Хепбёрн всего 13 лет. Её природный талант попал в хорошие руки Виньи Маровой». И в 1943 году: «Наделённая очаровательной внешностью и пластикой, она показала лучшее выступление за весь вечер».
Но эти комплименты не помогали девочке забыть о суровой действительности. В Нидерландах проживали 130 тысяч евреев, 30 тысяч из них скрывались. В феврале 1941 года выступление еврейской молодёжи в Амстердаме против ношения жёлтой звезды было жестоко подавлено. Начались депортация и уничтожение евреев.
Одри не могла не видеть этих печальных толп, идущих на смерть: «Целые семьи с детьми и младенцами загоняли в скотские вагоны, в поезда из больших деревянных вагонов с маленьким отверстием в крыше... Я видела эти лица, смотревшие сквозь щели в досках... На перронах немецкие солдаты собирали другие еврейские семьи с их жалкими пожитками и детьми, а потом разделяли их, кричали, чтобы женщины шли в одну сторону, а мужчины в другую, забирали всех детей и сажали их в другой вагон... Все кошмары, которые снились мне с тех пор, всегда были как-то связаны с этими сценами».