Обычно монарх при восшествии на престол жаловал подданных чинами, льготами, подарками и деньгами. «Выборный» царь в дарах и милостях превзошел предшественников. Служилые люди получили от него единовременно трехлетнее жалованье, знатные семьи — боярские и думные чины для своих членов. Кроме того, Борис дал тайный обет: править милостиво и не проливать крови в течение пяти лет. При этом он постарался, чтобы о «секретной» царской клятве узнали даже в самых глухих углах страны. После того как вся Россия почувствовала объем царских благодеяний, в Кремле снова вспомнили о грамоте, которая должна была подтвердить законное избрание Годунова на Соборе. Этот третий вариант, носящий название «утвержденной грамоты», был составлен царской канцелярией в 1599 году. Естественно, ни о каком свободном волеизъявлении речи в нем не шло. По мнению Р. Г. Скрынникова{69}
, кроме имитации выборов, у «утвержденной грамоты» было еще одно важное назначение: она стала своего рода поручной записью, четко очертив круг лиц, от которых Борис требовал доказательств лояльности. Круг этот составляли бояре, столичные и провинциальные дворяне, приказные чины, высшие церковные иерархи и верхушка городского посада.Как только они поставили на листе свои подписи, «тайная милостивая» клятва была, естественно, забыта. Царь Борис потихоньку, исподволь, принялся утеснять и понижать в чинах (а то и подвергать прямой опале) всех, кто противился его избранию. На протяжении следующих двух-трех лет каждому из них пришлось пожалеть о своей позиции на Соборе. Вряд ли это было обычной местью. Похоже, Годунов принимал превентивные охранительные меры. Царь имел веские причины для спешки: из-за волнений «выборной кампании» его здоровье сильно пошатнулось, а сын был еще слишком юн и неопытен, чтобы удержаться на престоле в случае смерти родителя. Репрессиями Борис расчищал наследнику дорогу к трону. И потому острие их обрушилось не на Шуйских и Мстиславских, давних противников Годунова. Под удар попали конкуренты его сына в борьбе за престол, Романовы.
В конце октября 1600 года посланные царем стрельцы ночью взяли штурмом романовское подворье. Братьев Федора, Александра, Михаила и Василия обвинили в тягчайшем государственном преступлении — покушении на жизнь царя. Доказательством служили найденные у Александра «колдовские» корешки. В конце XVI — начале XVII века, когда все болезни лечили травами или молитвой, подобную «улику» можно было обнаружить в любом доме. Однако на ее основании следствие сделало вывод, что Романовы пытались «царства достати ведовством и кореньем». Вместе с братьями в тюрьмы попало множество их друзей, родственников и сторонников, что делает «колдовскую» версию совершенно неправдоподобной. Еще одна важная деталь судилища прямо уличила Годунова в подлоге: самого старшего из Романовых, Федора Никитича, не только заточили, но и постригли в монахи — мера совершенно излишняя с точки зрения якобы совершенного братьям преступления, но гарантирующая (по понятиям того века) выбывание из борьбы за трон.
Укрепив положение наследника и его шансы сохранить престол после смерти отца, царь Борис занялся международными делами. А здесь на тот момент сложилась довольно любопытная ситуация. Крымское ханство с 1594 года втянулось в длительную войну с Венгрией. В 1598 году Казы-Гирей заключил мир с Россией, и Борису больше не было нужды держать крупные силы на юге. К концу 1599 года Сигизмунд III окончательно лишился шведского престола. Польский король и его дядя Карл IX вели между собой войну в Эстляндии. Естественно, обоих монархов интересовало, как намерен реагировать на это их восточный сосед. Особенно сильно беспокоился Сигизмунд III, поскольку мира с Россией у его страны не было уже 87 лет, а срок перемирия истекал через три года.
Для прояснения ситуации в 1600 году из Вильно в Москву выехало «великое посольство» во главе с литовским канцлером Львом Сапегой. Представители Сигизмунда III предложили России союз по типу того, что действовал между Литвой и Польшей до 1569 года. По условиям договора оба государства должны были оказывать друг другу помощь в случае нападения третьей стороны. Они обязались вести переговоры и заключать соглашения с иными странами «…под общими обоих государств титулами и через общих послов»{70}
. Для этого Сапега предлагал учредить при царском и королевском дворах союзнические представительства. Кроме согласованных военных действий против турок и шведов, планировалось создать совместные торговые и военные флоты на Черном и Балтийском морях. Материалы, вооружение и деньги для обеих флотилий должны были храниться на территории Польши. Для строительства морских судов Россия обязалась поставить на верфи лес, смолу, канаты и другие ценные материалы. Снаряжение флотов финансировали совместно. Но набор матросов и «людей рыцарских» Сигизмунд III «великодушно» брал на себя.