В начале 1938 года в рабочий кабинет Гурлитта зашли несколько представителей местных властей и некая высокопоставленная персона из Берлина. Гурлитт подумал, что это арест. Но берлинский гость, вежливо поздоровавшись, сказал хозяину магазина, что рейх нуждается в его услугах. Гурлитт с удивлением воззрился на пришедших. И тогда берлинский гость, выпроводив местных чиновников, спросил, не хочет ли известный владелец уважаемой фирмы совершенно законно продавать за валюту произведения искусства, которые рейху по идеологическим и иным соображениям не нужны. Гурлитт понял, что речь идет о "дегенеративном искусстве". Выбор был невелик: либо концлагерь, либо дело, которое он знал и любил. Гурлитт, разумеется, согласился. Его познакомили с коллегами — Б. Бёмером, К. Бухгольцем и Ф. Меллером. Все были профессионалами высокого класса. Все получили доступ к берлинским складам, где хранились конфискованные режимом произведения "выродившегося" искусства (один из них, как мы знаем, находился в подвалах ведомства Геббельса), и работа пошла.
Следующие пять лет Гурлитт ведет респектабельный образ жизни: колесит по Германии и оккупированной Европе в поисках образцов "дегенеративного искусства"; продает их через свою фирму, а также на аукционах в Гамбурге, Дрездене и других городах; устанавливает связи со швейцарскими маршалами и музеями (в частности, с Музеем изобразительных искусств в Базеле). Казна рейха получает от его трудов миллионные валютные барыши, кое-что перепадает и Гурлитту. В 1943 году его налогооблагаемый доход составил 178 тыс. рейхсмарок — тогда это были большие деньги. Гурлитт доволен: семья обеспечена, он занимается любимым делом. И тут судьба преподносит ему новый сюрприз.
В начале 1943 года Гурлитта посетил искусствовед фюрера Герман Фосс и предложил работать в его команде, формирующей личную коллекцию Адольфа Гитлера для музея фюрера в Линце. От такого предложения отказаться было нельзя, и Гурлитт входит в группу искусствоведов и арт-дилеров, работающих в рамках "особой миссии Линц". Основным местом его деятельности становится Франция, попутно — Нидерланды и Бельгия. Партнеры Гурлитта — айнзацштаб рейхсляйтера Розенберга, зондеркоманда штурмбанфюрера СС Юонсберга и другие культурграбительские организации рейха. Он потрошит еврейские и масонские коллекции, ищет "наполеоновскую добычу" (ценности, вывезенные из Германии в 1806 году), а в конце 1944 года участвует в захоронении в тайниках награбленных нацистами сокровищ. Весной 1945 года на банковском счете Гурлитта лежит уже 300 тыс. рейхсмарок.
В начале 1945 года Гурлитт возвращается на свою родину в Дрезден, который в середине февраля англо-американская авиация подвергла страшным бомбардировкам. В результате этой варварской акции погибло более 25 тыс. мирных жителей
[45], а город превратился в руины. Гурлитт какое-то время живет у родственников под Дрезденом, а в конце марта перебирается в баварский замок Ашбах близ Бамберга, принадлежавший барону Герхарду фон Полницу — руководителю местного отделения НСДАП, с которым Гурлитт был хорошо знаком. Вместе с ним в замке пребывает и первый искусствовед фюрера Карл Габершток. 14 апреля 1945 года в замке появились американцы. Они арестовали фон Полница и Габерштока, а Гурлитта посадили под домашний арест, начав против него расследование.Персоной Гурлитта заинтересовались офицеры спецподразделений, которые в конце войны занимались поисками награбленных сокровищ Третьего рейха. 10 июня 1945 года Гурлитта в замке Ашбах допрашивал искатель сокровищ в чине лейтенанта армии США Дуайт Маккей. Согласно протоколу допроса, Герман Фосс завербовал Гурлитта для того, чтобы он помог ему с покупкой произведений искусства для Гитлера в оккупированном Париже. Гурлитт отказался признать свое участие в грабежах, заявив, что отбирал лишь картины, проданные на парижском арт-рынке в 1942 году. Но ему не поверили. За участие в грабежах и пособничество нацистам Гурлитгу грозил большой тюремный срок. Чтобы спастись, он выдал американцам известные ему тайники и заявил, что сам является жертвой нацистского режима, а до войны помогал еврейским торговцам произведениями искусства и коллекционерам бежать из нацистского ада. Он назвал некоторые фамилии, американцы проверили, все сошлось. Это спасло Гурлитта от тюрьмы. Но так как он был связан с "миссией Линц", его денацификацией занимались пять лет. На допросах Гурлитта спросили и о судьбе собранной им коллекции "дегенеративного искусства", на что он ответил (и потом не раз повторил), что она сгорела в его дрезденском доме во время бомбежки. Гурлитт вернулся к свободной жизни в 1950 году и снова занялся антикварной торговлей. 9 ноября 1956 года он погиб в автомобильной катастрофе и похоронен на кладбище в Оберхаузене. Случайной ли была его смерть — неизвестно. Но только почти все лица, имевшие отношение к "миссии Линц", умерли после войны не естественной смертью, а в результате "несчастных случаев".