Сепаратизм других регионов обусловлен слабостью центра, который в начальный период демократических реформ декларировал принцип «берите столько суверенитета, сколько можете». Территории, которые обладали ресурсами и относительно развитой экономикой, стремились получить как можно больше политической самостоятельности. Этот процесс в ряде случаев получил дополнительный импульс вследствие стремления определенных кругов к еще большей культурной и религиозной обособленности от остальной части России.
Наиболее драматический и болезненный характер приобрела проблема урегулирования в Чечне. Результатом первой чеченской войны явился непогашенный очаг сепаратизма и бандитизма, что обусловило вторую чеченскую войну, которая продолжается до сих пор. В 1994–1996 гг. Россия потеряла в боевых действиях 5,5 тыс. убитыми; до 52 тыс. раненых и около 3 тыс. пропавших без вести. За 5 лет, начиная с августа 1999 г., эти потери практически сравнялись и продолжают расти-.
Тяжелый кризис российской государственности и экономики привел к разрушительным последствиям для Вооруженных сил и ВПК. Российская армия за прошедшие 15 лет была значительно сокращена. Численность ВС с учетом интегрирования в них железнодорожных войск на 1 января 2005 г. составила 1 млн 207 тыс. военнослужащих и 876 тыс. человек гражданского персонала. Структурно ВС РФ состоят из трех видов — сухопутные войска, Военно-воздушные силы и Военно-морской флот. Изменение организационной структуры и сокращение численности Вооруженных сил явились наиболее заметным содержанием военной реформы. Однако существует ряд серьезных проблем, которые снижают боеспособность и боеготовность Вооруженных сил.
Так, например, Войска стратегического назначения — главный сдерживающий фактор — переживают не самые лучшие времена. По мнению директора и генерального конструктора Московского института теплотехники (производителя новых ракетных комплексов «Тополь-М» и «Булава») Ю. Соломонова, программа развития стратегических ядерных сил России находится под угрозой срыва. В последние годы, согласно его оценкам, утрачено более 200 технологий для изготовления МБР, многие компоненты сложных материалов в разных областях химической промышленности уже не производятся. По мнению Ю. Соломонова, если так будет продолжаться и дальше, то в итоге государство утратит способность выполнять те задачи, которые связаны с серийным изготовлением таких сложных наукоемких систем, как боевые ракеты. В настоящее время происходит снятие старых ракетных комплексов с боевого дежурства и будет продолжаться значительно более быстрыми темпами, чем оснащение новыми. В этой связи возникает вопрос о том, смогут ли через 10–15 лет «Тополя-М» обеспечить безопасность страны. Потенциал СЯС резко сократился в результате низких темпов замены новыми ракетными комплексами старых.
В отношении других видов вооруженных сил и родов войск картина выглядит также неутешительно. Если сравнить техническую оснащенность американской армии и Российских Вооруженных сил, то ВС США обладают большим количеством образцов современного вооружения и военной техники, которых нет и не ожидается в ближайшей перспективе в российской армии. По абсолютному большинству технических достижений, которые уже имеются в войсках. ВС США далеко опережают соответствующий потенциал ВС России.
Тяжело складывается судьба российского Военно-морского флота. При нынешних темпах строительства— по 1–2 корабля в год, через 25–30 лет останется всего 25–50 кораблей. Резервы технического обеспечения, созданные на флоте 15–20 лет назад, практически исчерпаны. Таким образом, создалась реальная угроза существованию ВМФ в целом. Без сильного флота Россия не сможет обеспечить защиту своих интересов ввиду того, что по сухопутной границе Россия соприкасается только с 18 государствами, а по морю она связана с 127 странами. Кроме того, морская граница России составляет 38,8 тыс. км, из которых 3,9 млн кв. км перспективны с точки зрения наличия углеводородных ресурсов. Более 80 % запасов нефти и газа России сосредоточено на шельфе ее северных и дальневосточных морей. Мировой океан в XXI веке становится важнейшим источником экономического развития. В этой связи борьба за обладание био- и энергоресурсами, контроль морских коммуникаций будет усиливаться. В условиях существенного ослабления ВМФ Россия рискует потерять экономически и стратегически важные акватории Мирового океана.