Глубокие социально-экономические противоречия, как правило, порождают сепаратизм в самих развивающихся странах. Питательной средой сепаратизма являются также острые проблемы, вызванные наличием существенных национально-религиозных особенностей, глубоких культурных различий, которые обостряют социальные последствия неравномерного распределения различного рода ресурсов.
В этой связи вопрос не в том, будут ли новые войны, а в том, какими они будут и кто и с кем станет сражаться. Предполагается, что в отличие от войн XIX и начала XX столетий войны будущего в большинстве своем будут идти не между государствами, а в их пределах. Так, например, в Южной Африке в течение года, последовавшего за крахом апартеида, в результате актов насилия погибли 17 тыс. человек — больше, чем за 30 лет вооруженной борьбы против расовой сегрегации. Длительное военное противостояние в Анголе, Демократической Республике Конго (бывший Заир), Судане, в ряде других стран Черного континента свидетельствует о том, что сепаратизм представляет серьезную угрозу для многих государств, причем не только этого региона.
Основными причинами вооруженных конфликтов в Африке являются также противоречия, обусловленные притязаниями на часть территории соседних государств, отягощенных раздробленностью этнических групп, проживающих по обе стороны государственных границ. Обостряет проблему сепаратизма в Африке и способствует возникновению территориальных конфликтов тот факт, что 44 % государственных границ проходит по параллелям и меридианам, 30 % — по прямым и дугообразным линиям и лишь 26 % по естественным географическим рубежам, исторически разделявшим районы расселения отдельных этнических групп.
Другим аспектом проблем, с которыми сталкиваются многие страны, является то, что в поисках лучшей жизни растет волна эмиграции в государства с более высоким уровнем жизни. По мере увеличения численности эмигрантов в принимающих новое население странах создаются предпосылки для конфликтов на этнической почве и сепаратизма. Между странами богатого Севера и бедного Юга растут противоречия по поводу несправедливого распределения ресурсов.
Существенное влияние на содержание и развитие сепаратизма наряду с глобализацией оказывает регионализация,
то есть интенсификация развития связей между различными территориальными образованиями, которые имеют свою специфику, обусловленную природно-климатическими, демографическими, социально-экономическими и этнокультурными факторами. Регионализация, которая отражает наличие общих проблем, стоящих перед странами, находящихся, как правило, в одном географическом регионе и объединяющихся для совместного решения этих проблем. Географическая близость является объективной предпосылкой наличия общих экономических интересов и снижения затрат, связанных с развитием сотрудничества и повышением его эффективности.Рост численности региональных группировок может иметь различные по своему характеру последствия. С одной стороны, регионализация ведет к стиранию государственных границ внутри объединений, как, например, в ЕС. Однако опыт стран Евросоюза свидетельствует, что сепаратизм радикальных структур, действующих, например, в Испании и Франции, а также некоторых других государствах, в результате мощных интеграционных процессов не уменьшается. Вместе с тем регионализация может способствовать усилению барьерных линий вокруг этих региональных блоков. Вследствие этого нарушается сложившееся ранее соотношение сил между странами, оказавшимися по разные стороны барьеров, образуемых этими структурами. Региональные группировки могут использовать свою мощь для решения по-своему проблем сепаратизма, существующих в странах, которые не являются участниками объединений.
Особое значение в связи с проблемой сепаратизма играет религия.
Религиозный фактор всегда играет значительную роль там, где Церковь стала оплотом культурной идентичности. При этом особое значение играет фундаментализм, который представляет собой крайний догматизм религиозного характера, радикализм и экстремизм в достижении тех или иных целей. Религиозный фундаментализм может установить связь с этническим национализмом и тем самым в значительной степени усилить уже существующие противоречия.