По статистике армяне составляли 70–75 % населения Нагорного Карабаха, где проживали 150–160 тыс. человек. В январе 1992 г. была принята Декларация о государственной независимости Нагорно-Карабахской республики (НКР), уже имевшей все атрибуты независимого государства. Азербайджан, несколько месяцев до этого упразднивший НКАО Азербайджанской ССР, начал полномасштабные военные действия против молодой республики. В результате военного противостояния погибли примерно 50 000 человек с обеих сторон, вынужденными переселенцами стали 250 тыс. азербайджанцев из Армении и 400 тыс. армян из Азербайджана. Кроме анклава Нагорного Карабаха, было захвачено еще шесть районов Азербайджана, что привело к появлению 800 тыс. беженцев в своей стране.
В результате боевых действий обозначилась четкая линия противостояния, и в мае 1994 г., к моменту подписания Бишкекского протокола о перемирии, под контролем карабахской стороны оказались вся территория бывшей НКАО и часть азербайджанской территории. Иначе говоря, была прорвана блокада НКР и восстановлена прямая связь с Арменией. С другой стороны, Азербайджан занял весь Шаумяновский район, часть Мардокертского и Мартунийского районов Нагорного Карабаха. Таким образом, развитие карабахского конфликта привело к возникновению блока проблем, связанных со статусом Нагорного Карабаха, оккупированными обеими сторонами территориями, а также наличием большого количества беженцев.
Минская группа ОБСЕ по Нагорному Карабаху включилась в процесс урегулирования карабахского конфликта в 1993 г. и способствовала переходу его в стадию поиска политического урегулирования. По мнению Баку, ОБСЕ потакает Еревану, а компромиссы, которых добивается эта организация, не отвечают национальным интересам Азербайджана.
В последние годы Минская группа ОБСЕ все активнее выдвигала тезис в пользу развертывания экономического сотрудничества Армении и Азербайджана. Очевидно, на этом пути Запад видит не только возможность устранения напряженности в регионе и разворачивания своих инвестиционных программ, но и снижения военно-политического влияния России в регионе. Однако такие предложения постоянно отвергались Азербайджаном, который считал невозможным какое-либо сотрудничество со страной, оккупирующей его территории, до разрешения конфликта.
Проблема политического разрешения карабахской проблемы осложнялась тем, что в угоду политической конъюнктуре она была увязана с международным терроризмом. Так, вскоре после событий 11 сентября 2001 г. Азербайджан заявил о существовании в Карабахе сепаратистско-террористической организации — «Армии Нагорного Карабаха» — с тем, чтобы добиться включения ее в список международных террористических организаций, а Армении — в список государств, поддерживающих терроризм.
Для решения карабахской проблемы имелись попытки использовать нетрадиционные подходы, которые весьма далеки от понятия «справедливое мирное урегулирование». Это связано с тем, что в Турции и Азербайджане имеются силы, которые заинтересованы в создании Великой Туранской Федерации. Так, бывший советник президента Г. Алиева по внешнеполитическим вопросам В. Гулузаде утверждал, что в случае объединения Азербайджана и Турции могут быть решены все проблемы, включая карабахскую, при этом турецкие и другие войска стран НАТО смогли бы обеспечить территориальную целостность Азербайджана.
Тем не менее жесткая конфронтация постепенно ослабевает. Во время встречи президентов И. Алиева и Р. Кочаряна, которая состоялась в Варшаве в мае 2005 г., согласно заявлению министра иностранных дел Азербайджана Э. Мамедьярова, была достигнута договоренность о том, что Армения освободит семь районов вокруг Нагорного Карабаха. Что касается самого Нагорного Карабаха, то вопрос о его статусе должен стать предметом специального обсуждения. Процесс поэтапного урегулирования может начаться после того, как проживающим в Нагорном Карабахе армянам будут даны гарантии безопасности. Баку готов предоставить Нагорному Карабаху высокий статус автономии. Однако армянская сторона продолжает настаивать на признании независимости этой территории.
Несмотря на имеющиеся противоречия, наблюдается смягчение напряженности между Арменией и Азербайджаном. Этому предшествовали одновременное принятие Армении и Азербайджана в Совет Европы, а также расширение сотрудничества Еревана и Баку с НАТО. Аналогичный подход к решению кипрской проблемы был продемонстрирован в отношении Греции и Турции, когда совместное членство в НАТО обоих государств играло роль гаранта недопущения прямого военного столкновения между ними.