Сооружение комплекса в Лос-Аламосе завершилось в первые месяцы 1943 года, хотя переделки и ремонты продолжались в течение всего срока его существования. Ученые и члены их семей стали прибывать в феврале — марте и обустраивать свое однообразное и неудобное жилье. Научная работа началась с установочных заседаний и споров, а затем пришла очередь специальных экспериментов. Первые результаты появились в середине года. Таким образом, проект «Манхэттен» в Лос-Аламосе и «Лаборатория-2» в окрестностях Москвы начали функционировать приблизительно в одно и то же время, хотя и с огромной разницей в ресурсах.
Советские секретные службы были информированы о проекте «Манхэттен» с самого зарождения этого замысла и внимательно следили за каждым этапом его развития почти вплотную. Из Нью-Йорка Зарубин направил краткий отчет в Центр: