В декабре 1904 г. пал Порт-Артур. Японский флот приобрел безраздельное господство на море. Главные силы русской Тихоокеанской эскадры были уничтожены, и теперь утрачивалась опорная база прибывшей из Европы 2-й Тихоокеанской эскадры. В феврале 1905 г. поражением закончилось сражение под Мукденом. 13-14 мая русская эскадра вошла в Корейский пролив, где ее поджидал японский флот. Вице-адмирал Рожественский не верил в возможность победы над японским флотом. Он заранее уступил инициативу противнику. Планы японцев разгадать не удалось, и японский адмирал Того сумел навязать русской эскадре бой на выгодных для себя условиях. Мужество русских моряков не спасло положение. Разгром был ужасным, и это нанесло сильнейший удар по престижу царизма. Портсмутский мир зафиксировал перераспределение сфер влияния на Дальнем Востоке в пользу Японии.
Русско-японская война закончилась бесславным поражением России. Однако тайное противоборство российских и японских спецслужб не завершилось. Оно продолжалось, и нередко представители спецслужб находили следы деятельности своих противников даже через несколько лет после окончания военных действий. В России это было связано с деятельностью революционных политических партий и сепаратистских националистических движений, избравших основой своей деятельности вооруженную борьбу против властей. В ходе декабрьского вооруженного восстания в Москве защитники баррикад на Пресне были вооружены револьверами и винтовками, приобретенными в Бельгии и Швейцарии на японские деньги. Через Финляндию продолжал осуществляться транзит взрывчатки для изготовления бомб и адских машин, конструируемых по чертежам японских специалистов по диверсиям. В лесах Прибалтики и в горах Кавказа действовали отряды маузеристов, сформированные из националистов на японские деньги. Японские офицеры-разведчики и диверсанты капитан Тано и майор Уеда выступали в роли авторов наставлений и инструкций по изготовлению адских машин, а также их практическому применению. Мотодзиро Акаси встречался и вел переговоры с руководителем Боевой организации ЦК партии эсеров Евно Азефом, а также с руководителями Боевой технической группы Львом Красиным и Николаем Бурениным.
В частности, они серьезно обсуждали вопрос о возможных диверсиях на Транссибирской железной дороге, чтобы помешать переброске войск из Маньчжурии в Россию для подавления революционных выступлений в Чите, Иркутске, Красноярске, Омске и других городах. Однако попытка организовать взрывы тоннелей на Кругобайкальской железной дороге оказалась неудачной. Также неудачей завершилась транспортировка большой партии оружия для боевых дружин Читы, Иркутска и Красноярска. 1 января 1906 г. на станции Мысовая транспорт с оружием, доставку которого осуществлял видный революционер И. В. Бабушкин, был захвачен карательным отрядом Меллера-Закомельского, и организаторы транспорта были расстреляны. Так провалилась еще одна подрывная акция японского русофоба.
Вполне возможно, что именно по этим причинам примерно в это же время российские спецслужбы предприняли меры по дискредитации активной подрывной деятельности воспитанника клана «Черного Дракона». После увольнения из Департамента полиции И. Ф. Мануйлов все же сумел преподнести последний «сюрприз» своему японскому визави. В 1906 г. издательство А. С. Суворина неожиданно опубликовало подборку секретных документов в книге под названием «Изнанка революции. Вооруженное восстание в России на японские средства». В нее вошла часть "материалов Мотодзиро Акаси, которые были перехвачены Заграничной агентурой Департамента полиции. Это были фотокопии, сделанные агентами Мануйлова с оригиналов, а отчасти их подлинники. За этой публикацией стоял И. Ф. Манасевич-Мануйлов, который по праву считался крупным специалистом по «активным мероприятиям» в печати.