Однако угроза «желтой опасности» долго витала над дальневосточными границами России. По условиям Портсмутского мира Япония добилась доступа на материк и совместного протектората России и Японии над Кореей. Такое положение привело к тому, что тайное противоборство спецслужб не прекратилось, а приняло другие, более острые формы. К ним теперь относился не только правильно организованный сбор всевозможных сведений, но и воздействие на различные социальные слои населения. Прежде всего была предпринята попытка японских спецслужб полностью подавить русофильскую и патриотическую печать в Корее. С этой целью закрывались корейские газеты, а также ликвидировались корейские общества, которые придерживались патриотической ориентации или выступали за экономическое и культурное сотрудничество с Россией.
Одним из авторитетных корейских обществ было «Общество развития труда», во главе которого стоял известный скотопромышленник Лев Цой. Русская контрразведка не без оснований подозревала его в симпатиях к японцам. Во время Русско-японской войны он был лишен права поставки мяса в русские войсковые части. Работа общества проводилась под патронажем корейской полиции, начальником которой был не кто иной, как хорошо известный российским контрразведчикам барон Мотодзиро Акаси. Поэтому контрразведчики Хабаровского военного округа уделяли повышенное внимание проблемам противодействия японофильской пропаганде. В частности, этим вопросом основательно занимался помощник начальника контрразведывательного отделения штаба округа, выпускник Восточного института штабс-капитан Лехмусар.
Другим, более действенным средством прояпонской пропаганды было распространение среди корейцев учебников для начального образования, изданных специально японским генерал-губернатором. В этих учебниках не было ничего особенного, кроме восхваления добродетелей японского императора. Однако они распространялись бесплатно не только в Корее, но и в пределах Российской империи. В частности, отмечалась массовая раздача их среди корейцев, проживающих во Владивостоке. Одновременно российские контрразведчики отмечали, что японцы для закрепления своего положения на территории Кореи и Китая строят порты и железные дороги «для того, чтобы перевоспитать народ в Корее и даже на наших территориях». Опытные сотрудники российских спецслужб обратили внимание на постепенное увеличение в составе кадров японской разведки числа шпионов-корейцев. «Нам остается организовать против такой японской деятельности специальную борьбу и парализовать их стремления в этом направлении», — писал помощник начальника Хабаровского контрразведывательного отделения генерал-квартирмейстеру Главного управления Генерального штаба.
2 июня 1913 г. органами российской контрразведки на станции Чита был задержан помощник японского военного атташе в России майор Садао Араки. Он обвинялся в том, что, «возвращаясь в Японию и проезжая по Сибирской и Забайкальской железным дорогам, он собирал сведения, касающиеся безопасности России. Кроме того, составил схематические профили новостроящейся второй колеи Сибирской и Забайкальской железных дорог».
В марте 1913 г. в Туркестанском крае был задержан японский подданный Тайтчи Вейхара, который собирал сведения военно-стратегического характера о состоянии и пропускной способности тракта Джаркент-Кабузсай, а также о количестве и дислокации войск в городах Джаркенте, Чимкенте, Верном, Пишпеке и др. 8 июня он был осужден Верненским окружным судом.
В 1912-1914 гг. в России наблюдался массовый наплыв китайцев. Они прибывали в пределы империи в качестве мелких торговцев в разнос. Рассеиваясь и проживая без всякого надзора по всей стране, китайцы представляли потенциальный элемент для вербовки военных разведчиков в пользу иностранных держав. Об этом свидетельствовали следующие факты. В 1913-1914 гг. в пределах Варшавского военного округа было задержано несколько китайцев-торговцев, уличенных в военном шпионаже в пользу Германии. Агентурным наблюдением по Санкт-Петербургу и Москве было установлено, что китайцы-торговцы, проживающие в двух столицах, подразделялись на группы, каждая из которых представляла собой правильную, тесно сплоченную и отлично дисциплинированную организацию. В специальном циркуляре Департамента полиции от 28 июля 1914 г. на эти факты обращалось самое серьезное внимание всех должностных лиц, ведающих розыском. При этом в циркуляре специально оговаривалось, что «по сообщению Главного управления Генерального штаба японцы пользуются китайцами для организации в России шпионажа на самых широких началах». Все эти факты свидетельствовали, что Российская империя продолжала серьезно отставать в организации спецслужб.