В декабре 1908 г. 1-я Межведомственная комиссия по контрразведке была, наконец, созвана. Председателем ее, как и предполагалось, был назначен М. И. Трусевич. В нее вошли вице-директор Департамента полиции коллежский советник С. В. Виссарионов, заведующий Особым отделом Департамента полиции полковник Е. К. Климович, состоящий при Особом отделе подполковник В. А. Беклемишев. От военного ведомства были представлены делопроизводитель разведывательного отделения Генерального штаба полковник Н. А. Монкевиц, его помощник капитан С. Л. Марков, старший адъютант разведывательного отделения, отвечающий за разведывательную работу в штабе Киевского военного округа, Генерального штаба полковник А. А. Самойло, а также начальник Иностранной части Морского генерального штаба капитан 2 ранга Б. И. Доливо-Добровольский.
Материалы, находившиеся в распоряжении комиссии М. И. Трусевича, свидетельствовали о необходимости создания новой специальной службы в виде особых контрразведывательных органов, специализирующихся на борьбе с разведкой иностранных государств. Разрозненные действия различных ведомств в силовых структурах Российской империи не могли надежно обеспечить государственную безопасность от разведывательного натиска и были далеко не адекватны масштабам военного шпионажа противостоящих России государств. Отрицательным образом сказывалось фактически полное отсутствие денежных средств, недостаток знания и опыта у случайно назначаемых и постоянно меняющихся руководителей контрразведки, отсутствие инструкций и правил, а также пригодных агентов всех степеней. Все это не способствовало успешной деятельности контрразведки.
По мнению комиссии, заметно активизировалась деятельность иностранных военных атташе. Практически за всеми из них «необходимо периодическое наружное наблюдение». В материалах комиссии особо подчеркивалось, что «агентов же германских, австрийских, английских, японских, шведских, турецких, североамериканских, итальянских и специального германского офицера, состоящего при особе его величества, необходимо обеспечивать также и внутренним наблюдением».
Предполагалось, что при получении оперативных данных надлежало брать под наблюдение дипломатический и консульский персонал, иностранных граждан и выявлять их связи среди русских подданных. Важное значение имел вывод в отношении особых мер по обеспечению сохранения государственной и военной тайны. Особое внимание предлагалось обратить на военных секретоносителей, живущих не по средствам. Кроме чиновников секретного делопроизводства к этой категории также относились подрядчики военного ведомства, комиссионеры, служащие и мастеровые военных и морских заводов, мастерских и т. д.
Особое внимание в итоговом протоколе комиссии было уделено наиболее рациональным мероприятиям в организации контрразведки. В частности, речь шла об организации правильной и широко поставленной секретной агентурной службы, которая имела бы «достаточно сильные оперативные позиции в зарубежных центрах шпионажа, а также среди иностранных разведчиков, действующих в России». На основе этих выводов впоследствии была разработана первая специальная инструкция по ведению негласного расследования дел по шпионажу.
Межведомственная комиссия одобрила разработанный Главным управлением Генерального штаба понятийный аппарат контрразведывательной деятельности. Так, военным шпионством назывался «сбор всякого рода сведений о вооруженных силах (сухопутных и морских) и об укрепленных пунктах государства, а также имеющих военное значение географических, топографических и статистических данных о стране и путях сообщения, проводимый с целью передачи их иностранной державе». Контрразведкой называлась деятельность, заключавшаяся «в своевременном обнаружении лиц, занимающихся разведкой для иностранных государств, и в принятии мер по воспрепятствованию разведывательной работе этих государств в России». Конечной целью являлось привлечение к судебной ответственности лиц, уличенных в военном шпионаже, на основании ст. 108-119 Уголовного уложения 1903 г. или прекращение «вредной деятельности» названных лиц хотя бы административными мерами.