Понтекорво отлично понимал, что в мире нарастала международная напряженность, вызванная начинающейся холодной войной. В 1949 г. СССР осуществил успешное испытание атомной бомбы. Многие западные специалисты не представляли, что советское государство обладает такими технологиями; более того, это был открытый вызов ядерному доминированию США. В ответ президент Гарри Трумэн санкционировал разработку еще более мощных водородных бомб. В водородной бомбе используется принцип ядерного синтеза, в ходе которого изотопы водорода превращаются в атомы гелия. Правда, в качестве инициирующего заряда в водородной бомбе задействована реакция деления ядра. Неудивительно, что в Вашингтоне всерьез опасались нарастающего советского влияния, а также советских шпионов. В таких условиях сенатор Джозеф Маккарти возглавил печально известную «охоту на ведьм» – репрессии обрушились на всех, кого только было можно заподозрить в нелояльности.
В харвеллской лаборатории вместе с Понтекорво работал Клаус Фукс, один из бывших участников Манхэттенского проекта. Фукс признался в шпионаже в пользу СССР и был приговорен к длительному тюремному заключению. ФБР проверяло и других сотрудников лаборатории Лос-Аламос, в частности, физика Ричарда Фейнмана, который был известен не только блестящим интеллектом, но и склонностью к экстравагантным выходкам. Например, Фейнман просто ради спортивного интереса взламывал сейфы коллег. Фейнман был признан невиновным, однако агентам ФБР удалось раскрыть химика Гарри Голда, работавшего курьером Фукса. Голд, в свою очередь, вывел следователей на Этель и Юлиуса Розенбергов. Розенберги были арестованы по подозрению в шпионаже вместе с Дэвидом Гринглассом – младшим братом Этель, который ранее работал в Лос-Аламосе писарем-машинистом. Признательные показания шпионов и последовавшие аресты нагнетали всепроникающую атмосферу недоверия и паранойю.
Треволнения Бруно усугублялись и по причине нешуточных баталий между правительством США и бывшими итальянскими коллегами Понтекорво из-за патента, связанного с использованием медленных нейтронов (полученного учениками Ферми по результатам исследований, проводившихся еще в Риме). Итальянские ученые претендовали на долю прибыли от получения плутония, поскольку выработка этого металла осуществлялась при помощи замедления нейтронов графитом. В 1950 г. один из физиков-итальянцев подал иск, требуя денежной компенсации от американского правительства. Перспектива оказаться в центре публичного судебного процесса, а также подвергнуться неизбежным в таком случае проверкам благонадежности, вероятно, стала для Понтекорво последней каплей.
Когда новости о разгорающемся судебном процессе достигли Европы, Понтекорво как раз проводил летний отпуск в Италии вместе с женой и детьми. Когда отпуск закончился, он решил не возвращаться в Великобританию, где занимал должность профессора в Ливерпульском университете. Первого сентября семья отправилась из Рима в Стокгольм. Любопытно, что, хотя в Стокгольме и жили родители жены Понтекорво, беглецы не сообщили им о приезде, а уже на следующий день отправились самолетом в Хельсинки. На этом этапе записи об их пути обрываются. Не сохранилось никаких сведений о том, что Понтекорво делали в Хельсинки и пересекали ли они финскую границу.