3 октября 1994 года Ельцин подписал указ, которым уравнял в правах избранных глав и своих назначенцев и установил, что впредь будет назначать и отстранять всех глав, кроме республиканских, пока иной порядок не установит законодатель (хотя в 1995 году президент назначил главу Карачаево-Черкесской Республики). Выборы глав, за исключением республиканских, согласно указу можно было проводить лишь в индивидуальном порядке с личного президентского разрешения. В 1995-м было позволено провести выборы в Приморском крае, Белгородской, Московской, Нижегородской, Новосибирской, Омской, Оренбургской, Свердловской, Тамбовской, Тверской, Томской и Ярославской областях.
В том же году развернулась полемика вокруг порядка формирования состава Совета Федерации. Согласно Конституции первый состав палаты, избранный на прямых выборах в 1993-м на два года, нужно было заменить. При этом из конституционных положений следовало, что новые сенаторы не могут избираться на прямых выборах. Для Ельцина, готовившегося к переизбранию, было важно обеспечить лояльность Совфеда и добиться включения в него глав-назначенцев (их тогда было 47) и своих сторонников из числа «всенародно избранных», а также задобрить остальных регионалов. Его не поддерживали ни действующие сенаторы, ни думцы, но в итоге последних удалось убедить принять закон, по которому в Совфед автоматически включались региональные главы и спикеры. В качестве уступки думской оппозиции, горевшей желанием поскорее избавиться от назначенцев, а также регионалам, желавшим укрепить свои позиции, в законе записали требование не позднее декабря 1996 года провести выборы глав во всех регионах, где их еще не было.
Тем не менее последний назначенец — глава Карачаево-Черкесии Хубиев — был заменен избранным Семеновым только в 1999 году. Более того, глава Мордовии Меркушкин, избранный в 1995-м Конституционным собранием, лишь в 1998-м переизбрался на прямых выборах. В Дагестане глава так никогда всенародно и не избирался. Исполнительную республиканскую власть возглавлял председатель государственного совета (органа, неофициально именовавшегося «коллективным президентом»), которого избирало Конституционное собрание. С 1994 года этот пост занимал Магомедов. Для этого региона в итоге даже была сделана специальная оговорка в федеральном законе. На Алтае и в Удмуртии до последнего держались за принятую в начале 1990-х парламентскую форму правления, в одной республике глава был избран лишь в 1997 году, а в другой вообще в 2000-м(!).
Окончательно требование избирать всех глав было законодательно закреплено в 1999 году.
Таким образом, очевидно, что федеральная власть разрывалась между решением о повсеместных выборах глав, принятым в 1991 году в обстановке «демократической эйфории», необходимостью выстраивать противовес республиканским президентам, выравнивать статус регионов и соображениями сохранения хоть какой-то стабильности и обеспечения собственного политического выживания. Ельцин старался как можно дольше сохранять право назначать и отстранять глав. И он сквозь пальцы смотрел на многочисленные нарушения законодательных требований в тех регионах, где с прямыми выборами тянули или вообще не хотели их проводить.
Путин, придя к власти, немедленно добился реформы Совета Федерации (глав и спикеров заменили представители, избранные или назначенные региональными органами власти) и введения дополнительных мер ответственности регионов перед Центром. В последующие годы Кремль последовательно проводил централизацию. Об отказе от прямых выборов глав речь не заводили. Точнее, заводили, причем зачастую сами регионалы, но Путин их радикализм не одобрял, во всяком случае публично.
Весной — летом 2004 года в администрации президента готовили новые законодательные предложения по усилению ответственности региональных властей. Изменить планы заставила бесланская трагедия.
Помимо прочего она в очередной раз доказала, что федерализм в восприятии российских граждан не предполагает разделения ответственности. Граждане, непосредственно пострадавшие от терактов, жители Северной Осетии, да и вообще все российское общество, считали ответственной за случившееся в первую очередь федеральную власть и обращали свои жалобы и требования, свое горе и гнев к Кремлю, к Путину. Между тем запущенные с 2000 года централизаторские реформы и мероприятия, объективно говоря, либо еще не дали всего необходимого эффекта, либо в принципе не могли обеспечить уровень централизации, адекватный той ответственности, которую общественное мнение налагало на Центр. Иными словами, не было достаточного властного ресурса, чтобы контролировать все происходящее в стране и отвечать за это, а люди исходили из обратного. Фактически был предъявлен запрос на дальнейшее углубление централизации.