По мере роста числа охранных отделений возникает и усиливается соперничество между губернскими жандармскими управлениями и охранными отделениями. В своих циркулярах Департамент неоднократно призывает их к «взаимопомощи», обмену сведениями. Во многом эти конфликтные ситуации возникали в связи с тем, что, хотя функции ГЖУ и охранных отделений были разделены, в действительности розыскная деятельность (за которую отвечали охранные отделения) и деятельность наблюдательная, а также проведение дознаний (которыми занимались ГЖУ) тесно переплетались. На практике отделить одно от другого порой было невозможно. Те руководители охранных отделений, которые проходили по штабу Корпуса жандармов, в строевом отношении были подчинены начальнику ГЖУ. Последний, как правило, был в чине полковника или генерал-майора. Но в отношении служебном ему приходилось порой подчиняться младшему по чину начальнику охранного отделения.
В 1906–1907 годах по инициативе директора Департамента М.И. Трусевича проводится работа по созданию новых охранных отделений, розыскных частей, расширяется вся сеть учреждений политического розыска. В декабре 1907 года насчитывалось уже 27 охранных отделений.
9 февраля 1907 года Столыпин утверждает «Положение об охранных отделениях»[5]
. В Положение вошли и пункты, касающиеся взаимоотношений с ГЖУ, обмена информацией между охранными отделениями. Жандармские и политические органы, получая сведения, относящиеся к роду деятельности охранных отделений, должны были сообщать их охранному отделению для разработки, обысков, выемок и арестов, которые не могли производиться без ведома начальника охранного отделения. В свою очередь начальники охранных отделений должны были осведомлять ГЖУ об обстоятельствах, интересующих последних в процессе производимых ими дознаний.В 1906–1907 годах возникают охранные пункты. Они организуются прежде всего в местах, отдалённых от центра, там, где в тот период наблюдался рост «боевых» настроений среди населения. Первые охранные пункты были учреждены в Хабаровске, Пензе, Гомеле, Владикавказе, Екатеринодаре, Житомире, Костроме, Полтаве, Курске и ряде других городов.
Одновременно с работой по созданию охранных пунктов по предложению всё того же Трусевича в системе политического сыска создаются совершенно новые учреждения — районные охранные отделения. 14 декабря 1906 года Столыпин утверждает специальное Положение о районных охранных отделениях. Создавались они в
Начальники местных охранных отделений непосредственно подчинялись начальнику районного охранного отделения. Губернские и уездные ЖУ и ЖПУ ж.д. в вопросах розыска также должны были руководствоваться указаниями начальника районного охранного отделения.
К числу основных задач районных охранных отделений принадлежали организация внутренней агентуры для «разработки» всех местных партийных организаций и руководство деятельностью агентуры и розыска в границах района. С этой целью начальники районных охранных отделений имели право созывать совещания офицеров, непосредственно ведущих политический розыск. Они также должны были информировать высшие розыскные учреждения о положении дел в революционном движении района, помогать в деле политического розыска соответствующим учреждениям других районов. Офицеры районных охранных отделений могли пользоваться всеми следственными и агентурными материалами жандармских управлений и охранных отделений. В случае необходимости им должны были быть известны и секретные сотрудники — агенты, находящиеся в ведении того или иного офицера жандармского управления и охранного отделения.