Обыск у Мануйлова не дал никаких серьезных политических результатов; Департамент полиции решил дать ход скопившимся в Департаменте и охранном отделении материалам, изобличавшим Мануйлова в шантажах, вымогательствах и так далее. Против Мануйлова было наряжено следствие, которое вел судебный следователь по важнейшим делам П. А. Александров. Следствие, как полагается, велось медленно. Мануйлов пустил в ход все ресурсы. Он двинул вперед связи, стал сам забегать к департаментскому начальству.
Не имея возможности обращаться непосредственно к П. А. Столыпину, Мануйлов изготовил обширное письмо-исповедь на имя В. А. Чумикова, заведовавшего прессой, для передачи П. А. Столыпину. Мы уже цитировали из этого письма части, относившиеся к службе Мануйлова; приводим теперь конец этого письма. Рассказав о работе с полковником Невражиным, сообщив о том, что он «поставил» ему двух сотрудников, Мануйлов пишет:
«Некоторое время спустя, без всякой причины, мне было объявлено, что я не нужен. За время моей работы с Невражиным я был командирован в Париж и там устроил издание книги «Правда о кадетах», напечатав ее в «Nouvelle Revue». Мне пришлось снова остаться без места и без всякой материальной поддержки. Я не сделал ни одного некорректного шага; зная всю деятельность Невражина и его агентов, мне не могло прийти в голову сделать какую-либо неловкость. Не-вражин продолжал меня уверять, что вся организация прекращена, а люди, мною введенные в дело, говорили мне противное. Я смирился и с этим пассажем. Мои давнишние отношения с «Новым временем» дали мне возможность обратиться к Сувориным, которые приняли меня хорошо, невзирая на травлю всех левых газет, которые продолжали помещать враждебные мне заметки и считать меня деятелем Департамента полиции. До поступления в «Новое время» мне приходилось очень тяжело в материальном отношении, так как все было почти перезаложено, и я жил надеждой получить какое-либо место. Долги, сделанные мною под мое наследство (отец оставил мне более 100 тысяч рублей на срок по достижении 35-летнего возраста), докучали мне и отравляли мое существование. Я принялся за газетную работу, видя в ней одно спасение, как нравственное, так и материальное; я был свободный человек; мне думалось заработать как-либо необходимую сумму на жизнь (мне тогда приходилось жить на две семьи). В то время ко мне обращались многие лица, прося хлопотать по их делам. Будучи частным человеком, я счел возможным принять на себя некоторые хлопоты. Среди таких лиц были двое евреев — Шапиро и Минц. Первый хлопотал об открытии типографии, второй — разрешении ему права жительства. Первое дело увенчалось успехом, и я получил от него несколько сот рублей; второе дело не устроилось, и я был вынужден войти в соглашение на предмет взятого аванса (я выплачиваю и теперь по 100 рублей, уплатив уже 600 рублей; остается еще 900 рублей). Служба в «Новом времени» пошла хорошо, и я, конечно, бросил всякие дела, которые брал из нужды, выброшенный на улицу Департаментом, которому я отдал лучшие годы моей жизни, не щадя себя и подставляя все время мою голову под удары революции.
И вдруг — обыск, грубый, как у революционера-бомбиста… Обыск ничего не дал, ибо у меня ничего не было. Я узнал, что был донос некоего Рабиновича, изгнанного агента, шантажиста, торговавшего здесь, в Петербурге, своей женой. Но это не все. Я узнал о том, что следователь по важнейшим делам Александров ведет против меня дело, которое возбуждено охранным отделением. Я узнал, что еврей Минц был вызываем в охранное отделение, где ему, под давлением жандармского офицера, было приказано рассказать невероятную историю; то же самое проделали с Шапиро, которому грозили новым закрытием типографии и так далее, если он не покажет против меня. Все это делалось Комиссаровым, который настоял на посылке дела следователю. Я знаю о том, что П. А. Александров допрашивал многих, и думаю, что ни один честный человек не мог показать против меня. Но создается дело, желают скандала. Кому он нужен? Я не сделал ничего дурного; будучи частным человеком, я хлопотал по делам; это не возбраняется законом. Я не выдавал государственных тайн, не был в сношениях с кадетами и не изменял своей родине. Можно выгнать человека, можно его лишить материальной поддержки, но, я думаю, не к чему его преследовать ради преследования. Если бы я был прохвостом, я взял бы деньги, предложенные мне г. Б. от кадетов, а ведь они мне предлагали в то время, когда кадеты были в моде и многие сановники надеялись видеть их министрами. Всего не расскажешь. Происходит вопиющая несправедливость. Я вам всего рассказать не могу. Пусть меня позовут, и я все расскажу. Если будет неправда в моих словах, пусть карают, но нельзя же в угоду Комиссаровым создавать дела и подставлять голову и честь человека за то, что он всю жизнь оставался верным слугою того дела, которое ему было поручено. Вы хотели услышать от меня правду — я вам ее сказал. Делайте с моим письмом, что хотите. Я считаю вас честным человеком».