Между тем П. А. Бадмаев стал автором первых научных работ по тибетской медицине, опубликованных на русском языке. Он приложил немало сил, чтобы сделать эту науку достоянием не только российских, но и европейских врачей: первым перевел на русский язык основное руководство по тибетской медицине «Чжуд-ши». В 1898 году оно вышло под названием «О системе врачебной науки Тибета». В предисловии к нему автор уведомил читателей, что они могут подписаться на последующие выпуски, равно как и на «Общедоступный лечебник по системе врачебной науки Тибета». К сожалению, по известным причинам имя Бадмаева долгое время не упоминалось в медицинской литературе.
Тем не менее его книгу «О системе врачебной науки Тибета» высоко оценил известный терапевт С. М. Васильев, в то время возглавлявший клинику Дерптского университета: «Каждый образованный европейский врач с несомненностью убедится, что тибетская медицина достигла поразительного развития и, несомненно, в некотором отношении значительно опередила европейскую».
Но врачи, и особенно фармацевты, большей частью, вовсе не стремились использовать на практике методы восточной медицины. Бадмаева по-прежнему называли шарлатаном. Открыто и необоснованно выдвигались и такие обвинения, которые вынуждали его защищать свою врачебную репутацию.
В январе 1904 года Санкт-Петербургский окружной суд приступил к рассмотрению дела о распространении клеветнических измышлений в печати. Поводом для иска Бадмаева послужила заметка в Санкт-Петербургской газете «Новости», где доктор Крендель выражал скорбь по поводу кончины профессора консерватории К. фон Арка, называя ее «преждевременной». Это было прямым обвинением лечащего врача Бадмаева в некомпетентном и непрофессиональном лечении. Однако доктор Крендель был оправдан.
За этим судебным процессом следила российская общественность. Недоброжелателям Бадмаева был дан удобный повод для дальнейших нападок. Магистр фармации Е. А. Альтгаузен опубликовал в журнале «Фармацевт», редактором-издателем которого являлся, разгромную статью против Бадмаева. Он назвал «абракадаброй» работы Бадмаева по тибетской медицине, не скрывая, впрочем, что «не взял на себя труда изучить их». Автор статьи даже не пытался завуалировать истинную причину злобных и грубых выпадов: по его подсчетам выходило, что петербургские аптеки лишились по вине конкурента, державшего свою аптеку, возможности изготовить «300 тысяч нумеров рецептов».
Справедливости ради следует сказать, что далеко не все критики Бадмаева руководствовались меркантильными соображениями. Русским врачам на самом деле нелегко было понять специфику традиционных восточных медицинских систем.
Тысячи больных из разных уголков страны стекались к нему в надежде на помощь. Конечно, Бадмаев не мог в одиночку подать руку помощи всем страждущим. Нужны были надежные, хорошо подготовленные помощники. Причем их статус нужно было узаконить — официально удостоверить право именоваться врачами тибетской медицины.
П. А. Бадмаев на свои сбережения открыл первую русско-бурятскую школу на Поклонной горе, где будущие врачи сначала изучали монгольский и тибетский языки, осваивали премудрости тибетской медицины, а затем получали европейское медицинское образование. Бадмаев мечтал организовать общество по изучению врачебной науки Тибета, широко развернуть профилактическую медицинскую деятельность. Свой проект он изложил в докладной записке на имя министра внутренних дел. Ответа пришлось ждать долго. Наконец, в январе 1911 года пристав второго участка Рождественской части столицы вручил действительному статскому советнику П. А. Бадмаеву пакет с грифом министерства внутренних дел. В послании содержался отказ. Но отступать от задуманного Петр Александрович не собирался. Прежде всего он решил дать ответ чиновникам Медицинского Совета, приложив к нему опубликованную ранее «Справку о положении врачебной науки Тибета в России», а также докладную записку министру, — должны же найтись трезвые головы, способные правильно оценить все эти материалы! Через несколько месяцев вышла книга «Ответ на неосновательные нападки членов Медицинского Совета на врачебную науку Тибета». Борьба за тибетскую медицину продолжалась.
Историкам еще предстоит изучить торговую и дипломатическую деятельность П. А. Бадмаева на Дальнем Востоке, разобраться, почему он был столь влиятелен при дворе (и не только в качестве лекаря), проанализировать его связи с весьма неоднозначными фигурами из царского окружения, особенно с Распутиным. До сих пор и в художественной, и в атеистической литературе П. А. Бадмаев рассматривался как ловкий проходимец, сумевший завоевать благорасположение мистически настроенной императрицы Александры Федоровны. Как бы то ни было, определенно можно сказать одно: близость Петра Бадмаева к придворным кругам стала одной из причин едва ли не враждебного отношения к его врачебной практике, а впоследствии и к тибетской медицине, видным представителем которой он несомненно являлся.
Временному правительству Бадмаев оказался неугоден, и его выслали за границу.