В 1934 году при институте начало работать специальное Бюро по изучению восточной медицины во главе с фармакологом профессором С. В. Аничковым. Стоял вопрос и об открытии соответствующей клиники. Предполагалось развернуть исследования достаточно широко и включить в сферу научной проверки средства и методы врачебной науки не только Тибета, но и арабо-персидской медицины, что получило отражение в названии Бюро и клиники. Организационный период, однако, затягивался.
Руководителем клиники был назначен профессор С. П. Заводской, Н. Н. Бадмаеву отвели роль консультанта — для директора института Л. Н. Федорова он по-прежнему оставался нежелательным лицом, которому не следовало давать реальных прав. Результаты такого отношения проявились достаточно быстро — созданное подразделение было вскоре переименовано в Бюро восточной и народной медицины. Этот шаг не был случайным, хотя кроме Н. Н. Бадмаева никто не придал ему значения.
Н. Н. Бадмаев пытался убедить членов Бюро, что переименование знаменует собой принципиальное отступление от первоначальной идеи. Ведь тибетскую медицину нельзя приравнивать к народной и низводить ее до уровня знахарства. Не отдельные лекарственные средства надо испытывать, а изучать всю систему взглядов, весь врачебный арсенал, включающий помимо лекарственных препаратов диететику и разнообразные физические методы лечения.
Эта позиция не нашла поддержки. Члены Бюро надеялись, что переименование вреда не принесет, а, напротив, позволит расширить сферу деятельности. Но в январе 1935 года Отдел народной медицины (как видим, трансформация названия была последовательной) закрыли под предлогом реорганизации института. Договор с больницей им. В. И. Ленина, на базе которой отделение просуществовало буквально два месяца, был расторгнут, а больные выписаны или переведены в другие лечебные учреждения. На этом изучение восточной, в том числе тибетской, медицины в рамках ВИЭМ практически закончилось.
Но ее сторонники сдаваться не собирались. В апреле 1935 года в Совет труда и обороны страны поступило «Деловое предложение о развитии работы по изучению и экономическому использованию средств и методов восточной медицины», подписанное экономистом В. В. Добрыниным. Автор предложения подробно обосновывал необходимость создания в Ленинграде научного и учебного центра — Института восточной медицины и гигиены с филиалами в странах Востока и Запада. Это предложение было передано наркому здравоохранения РСФСР Г. Н. Каминскому.
Время, однако, шло, а ответа все не было. Через 8 месяцев В. В. Добрынин направил жалобу председателю Совнаркома СССР В. М. Молотову с копиями в Комиссию Советского контроля при СНК СССР, в Комиссию Партийного контроля и Комиссию содействия ученым.
Обосновывая вновь программу изучения и использования средств и методов восточной медицины, он подчеркивал, что в ее арсенале имеется немало кровоостанавливающих и рано-заживляющих средств, препараты, повышающие естественный иммунитет к инфекциям, что особенно важно в случае бактериологической войны.
Добрынин указывал, что инициативная группа ученых разработала устав Общества содействия изучению медицины, гигиены и психофизкультуры народов Востока, что при Институте востоковедения АН СССР уже действует семинар по изучению тибетского языка и тибетской медицины и что он лично заручился поддержкой полномочного представителя Тибета в СССР Хамбо Агвана Доржиева (бывшего наставника Далай-ламы).
Столь энергичное напоминание возымело действие. 26 марта 1936 года «Вечерняя красная газета», издававшаяся в Ленинграде, известила читателей о том, что Ученый медицинский Совет (УМС) Наркомздрава РСФСР по инициативе группы ленинградских профессоров созывает 1 апреля широкое совещание по поводу изучения тибетской медицины. Казалось, на этот раз победа была бесспорной. Президиум УМС принял постановление о необходимости изучения восточной медицины. Но уже через несколько дней на заседании Бюро УМС стало ясно, что трудности на этом не кончились. Директор ВИЭМ Л. Н. Федоров, понимая, что в сложившейся ситуации напрямую возражать против изучения тибетской медицины нельзя, заявил, что в СССР нет ни одного подлинного ее представителя и что доктор Н. Н. Бадмаев таковым считаться не может. Более того, он обвинил Бадмаева в расхищении тибетских лекарственных средств, собранных забайкальской экспедицией, и в том, что последний всячески уклоняется от научной проверки применяемых им методов лечения.
Принятое на заседании Бюро решение было половинчатым: для систематического методологического руководства изучением восточной медицины избрать комиссию, а предложения о создании общества, организации института и специальной клиники отклонить, ограничившись клиническими испытаниями в одном из обычных стационаров. Позиции противников тибетской медицины были достаточно сильны.