Самый большой из всех, к тому времени еще не достроенный колледж кардинала Уолси, после падения кардинала был заново основан королем, расширен и превращен в Крайст-Черч-колледж, с 1546 года ставший центром нового Оксфордского епископата. Основав также Тринити-колледж в Кембридже, Генрих VIII продемонстрировал, сколь важна для него коллегиальная система обоих университетов. Помимо всего прочего, «свои» теологи призваны были помочь королю возвести Англиканскую церковь в ранг государственной. Впоследствии, когда на трон взошла старшая дочь Генриха Мария и пожелала вернуть в страну католицизм, оксфордские теологи сыграли в этом ведущую, хотя и не самую похвальную роль.
В 1555 году двух сторонников Реформации перевезли из Тауэра в Оксфорд. Именно здесь, а не в Лондоне, епископы Хью Латимер и Николас Ридли предстали перед ортодоксальным университетским церковным судом. Диспут проходил в Школе богословия и представлял собой классический показательный процесс со смертной казнью через сожжение на костре напротив Баллиол-колледжа. Последние слова Латимера вошли в сокровищницу героических цитат Реформации: «Возрадуйся, магистер Ридли, и будь мужчиной. Сегодня мы возожжем свечу, которую никогда уже не погасят». Латимер умер быстро. Порох, прикрученный к его шее, скоро взорвался, в то время как костер Ридли никак не хотел разгораться (
Не менее решительно, хотя и более умеренно, чем ее сводная сестра, университетскую политику проводила Елизавета I. Отныне и на долгое время Оксфорд и Кембридж получили монополию на англиканское образование. Но их сила обернулась слабостью: католикам, иудеям, квакерам, баптистам, атеистам и нонконформистам всех мастей вплоть до xix века было запрещено учиться в этих университетах. Каждый студент вынужден был приносить клятву на «Тридцати девяти статьях», собрании догматов Англиканской церкви от 1571 года: в Оксфорде – уже в самый момент приема, а в Кембридже – перед выпускным экзаменом. Лишь в 1854 году эта весьма сомнительная «проверка совести» была отменена. Однако вплоть до 1871 года инакомыслящие снимались с профессорских должностей и исключались практически из всех академических учреждений.
Старый конфликт между
24 июня 1646 года Оксфорд был взят парламентскими войсками. Король, переодетый слугой, наклеив бороду, покинул город еще в апреле. А через два года после казни Карла I канцлером университета был избран Оливер Кромвель. Оксфорд вновь оказался