Главный конструктор Сергей Павлович Королев с первых дней существования отряда внимательно следил за ходом подготовки кандидатов в космонавты. В начале апреля 1960 года он попросил, чтобы ему дали информацию о том, какие лекции слушают будущие покорители космоса. Информацию предоставили. Прочитав ее, Королев буквально взорвался негодованием:
- Вы кого мне готовите? Подопытных свинок? Собачек для опытов? Мне не нужны пассажиры! Мне нужны летчики, которые смогут пилотировать космические корабли! Они должны знать технические вопросы, разбираться в основах астрономии и астронавигации, владеть навыками пилотирования. Программу подготовки пилотов-космонавтов нужно немедленно пересмотреть и дополнить техническими и научными дисциплинами!
После вмешательства Королева программа обучения была радикально изменена. В ней появились баллистика, механика и динамика космического полета, технические дисциплины, курсы по конструкции ракеты-носителя и космического корабля. Эти новации не вызвали возражений среди кандидатов в космонавты: Валентину Бондаренко и другим ребятам из космического отряда стало ясно, что их, военных летчиков, готовят не на унизительную роль «подопытных кроликов», а в качестве настоящих пилотов будущих космических кораблей.
Претерпел изменения и состав преподавателей, особенно по прикладным техническим дисциплинам. Среди лекторов появились работники конструкторского бюро, которым руководил Сергей Павлович Королев. Занятия по основам космической техники, проводили К.Д.Бушуев, О.Г.Макаров, Б.В.Раушенбах, В.И.Севастьянов, М.К.Тихонравов, К.П.Феоктистов. Любопытно, что трое из числа этих преподавателей – Константин Феоктистов, Виталий Севастьянов и Олег Макаров – в будущем сами станут космонавтами.
«Программа нашего специального обучения была рассчитана на то, чтобы космонавты приобрели необходимые сведения по теоретическим вопросам предстоящего полета, выработали практические навыки по управлению оборудованием и аппаратурой кабины космического корабля, - вспоминал Герой Советского Союза, летчик-космонавт СССР Евгений Хрунов. - Это требовало от нас изучения различных, порой, казалось, просто несовместимых дисциплин. В программе были и основы ракетной техники, и вопросы космической медицины, астрономии, и конструкции космических кораблей, и многое-многое другое. Занятия проводились на академических базах, в конструкторских бюро, научно-исследовательских учреждениях, в госпиталях, кино- и фотостудиях, в штурманских классах. Каждый специалист так стремился передать нам весь свой опыт, свои знания, что порой думалось: врач хочет сделать нас врачом или по меньшей мере фельдшером, астроном - астрономом, кинооператор - кинооператором. Люди, учившие нас, отдавались этим занятиям, не считаясь ни с личным временем, ни с праздничными и воскресными днями».
Валентину Бондаренко, как и большинству его товарищей из «космической двадцатки», лекции по космической технике, на которой предстояло подняться к звездам, нравились намного больше, чем лекции по космической медицине. Это была как раз та техника, на которой они собирались взлететь на космические орбиты, которую они должны были знать в совершенстве и которой нужно было научиться безошибочно управлять. Требовалось изучить корабль и его бортовые системы, динамику полета ракеты-носителя и космических аппаратов. Все было внове и все было необычно – совсем не авиационная форма корабля, его скорость движения и высота полета. Во время службы в военной авиации молодые пилоты ни с чем подобным не встречались. Например, самолет обладает широким диапазоном возможностей маневра по курсу, а вот первый космический корабль его не имел вообще. Пилот, летящий в самолете, почти постоянно работает в условиях дефицита времени и психологических нагрузок. А пилот космического корабля при нормально протекающем орбитальном полете в период между коррекциями траектории, стыковками и прочими динамическими операциями имеет возможность «расслабиться», а то и вовсе полностью оставить управление кораблем. Но в ходе процесса посадки на Землю или в аварийных условиях все наоборот – теперь космонавту дорога не только каждая секунда, а даже доля секунды, и время в таких условиях, кажется, летит с гораздо большей скоростью, чем при обычном полете на самолете.
Марс Закирович Рафиков, один из кандидатов в космонавты, позднее вспоминал:
«Каждую субботу вывешивалось расписание занятий на следующую неделю, несколько дней отводилось на теоретическую подготовку: ракетная техника, космические аппараты, астрономия, астрофизика, геофизика, кинодело, радиоориентирование и еще много других дисциплин. Были предусмотрены дни для полетов на пилотаж, по приборам вне видимости естественного горизонта, ночью и …на невесомость» (4.3).
Подготовка первого отряда космонавтов не ограничивалась парашютными прыжками и лекциями по космической технике и медицине. Будущие космонавты впервые почувствовали, что такое невесомость в специальных полетах на самолете, который делал в воздухе «горку».