Берия в это время вел сложную интригу, направленную на компрометацию Жданова, Вознесенского и их ближайшего окружения. Маленков стал помогать Берии. Между Ждановым и Маленковым давно уже существовали крайне неприязненные отношения. Жданов и его ближайшие друзья считали Маленкова неграмотным выдвиженцем и в своем кругу называли его «Маланьей» – это был намек на женоподобный внешний облик тучного Маленкова. Берии и Маленкову удалось убедить Сталина, которого и без того раздражали теоретические претензии Жданова и Вознесенского, в «сепаратизме» Ленинградской партийной организации и выдвиженцев из Ленинграда. Так возникло «ленинградское дело», жертвой которого стали все руководители Ленинградской партийной организации во главе с П. С. Попковым. Репрессии распространились потом вниз и охватили сотни и тысячи партийных и комсомольских работников Ленинграда, ученых, тружеников народного хозяйства. Они двинулись и вверх, приведя к аресту и гибели Н. А. Вознесенского, А. А. Кузнецова, М. И. Родионова и других ответственных работников партийного и советского аппарата. Маленков взял на себя разгром Ленинградской партийной организации, для чего выехал в Ленинград. Берия руководил репрессиями в Москве. Жданов, который недавно сам возглавлял погромные идеологические кампании, фактически был отстранен от руководства и умер у себя на даче в возрасте 52 лет при не вполне выясненных обстоятельствах.
Недавно материалы «ленинградского дела» были вновь рассмотрены Комитетом партийного контроля при ЦК КПСС. В опубликованном заключении недвусмысленно говорится: