Конечно, снабжение Красной Армии в годы войны не было столь уж обильным, но в основном удовлетворительным. Сразу же после начала войны Микоян возглавил Комитет продовольственно-вещевого снабжения Красной Армии. В 1942 году Анастас Иванович был введен в Государственный Комитет Обороны (ГКО) – высший орган власти в стране на период войны. Заслуги Микояна в снабжении армии были столь бесспорны, что еще в 1943 году, в разгар войны, ему было присвоено звание Героя Социалистического Труда. Вскоре после начала войны Микоян вошел в Совет по эвакуации. Этому Совету пришлось провести громадную работу по эвакуации в восточные и южные районы многих миллионов рабочих и служащих и тысяч промышленных предприятий. К началу 1943 года общее число эвакуированных составило около 25миллионов человек. Когда
Красная Армия, добившись перелома в войне, стала продвигаться на запад, Микоян вошел в Комитет при СНК СССР по восстановлению хозяйства освобожденных районов.
В сентябре 1942 года под Сталинградом в воздушном бою погиб сын Микояна Владимир. За месяц до этого Анастас Иванович, ни раньше ни позже не занимавшийся устройством судьбы своих сыновей, сам позвонил в командование ВВС и попросил учесть просьбу Владимира – направить его на Сталинградский фронт.
В это время Микоян был в Оренбургской области, где он как уполномоченный ЦК проводил хлебозаготовки. Печальную весть ему сообщил первый секретарь обкома Г. А. Денисов, свидетельство которого сохранилось:
–
Мы должны здесь отметить, однако, не только заслуги Микояна в годы войны. Как член ГКО и Политбюро он должен нести ответственность за все решения, принятые или одобренные этими высшими партийными и государственными инстанциями. Речь идет, в частности, о выселении целых народностей с их национальной территории на восток – в так называемые спецпоселения. В самом начале войны такая участь постигла немцев Поволжья, да и всех граждан СССР немецкой национальности. Затем были депортированы многие народности Северного Кавказа и татары из Крыма. В каждом случае вопрос о ликвидации той или иной национальной автономии и выселении целого народа Сталин выносил на утверждение Политбюро ЦК ВКП(б) и ГКО СССР. Справедливости ради надо отметить, что и в данном случае позиция Микояна, пусть и очень незначительно, но отличалась от позиции других членов советского руководства.
Еще в 1951 году в журнале «Социалистический вестник», который издавался группой меньшевиков-эмигрантов и считался одним из органов Социалистического интернационала, было опубликовано свидетельство некоего полковника Токаева, осетина по национальности, перебежавшего якобы на Запад в конце войны или сразу же после ее окончания. Он сообщил, что решение о ликвидации Чечено-Ингушской АССР было принято после обсуждения на совместном заседании Политбюро и ГКО 11 февраля 1943 года.