Работа Микояна в Президиуме Верховного Совета не была отмечена особо яркими событиями. Упомяну лишь о Якубовиче, бывшем сотруднике Наркомата торговли, который был освобожден после 25-летнего заключения, но не был реабилитирован и остался жить в Караганде в Тихоновском доме инвалидов. Здоровье Якубовича несколько поправилось, и он стал писать небольшие литературные эссе, пьесы на исторические темы и очерки о тех деятелях большевистской партии, которых он когда-то встречал (о Каменеве, Зиновьеве, Троцком, Сталине). В 1964 году Якубович смог приехать в Москву. Я помог ему тогда перепечатать его записи на пишущей машинке – это было время, когда начинался так называемый «самиздат». По совету друзей Якубович написал письмо Микояну с просьбой помочь в реабилитации. Многие думали, что новый «всесоюзный староста» не обратит внимания на трудности своего бывшего сотрудника. Но Микоян принял Якубовича. Он сразу сказал, что пока не может помочь в пересмотре политических судебных процессов 1930–1931 годов. Ведь еще не были пересмотрены политические процессы 1936–1938 годов. Однако Микоян позвонил первому секретарю ЦК КП Казахстана Д. А. Кунаеву и попросил улучшить условия жизни Якубовича, который, как сказал Микоян, несправедливо пострадал в годы культа. Якубович не просил о переезде в Москву.
Ему выделили в доме инвалидов отдельную комнату и назначили пенсию 120 рублей в месяц, что позволило ему потом больше работать и чаще приезжать в Москву.
Микоян был осторожен и старался не вступать в конфликт с Брежневым.
Уже в мае 1965 года в связи с 20-й годовщиной победы в Отечественной войне нашей пропагандой все более настойчиво стала проводиться частичная реабилитация Сталина. Когда на торжественном юбилейном собрании Брежнев произнес имя Сталина, большая часть зала зааплодировала. Микоян отнюдь не возражал против подобного изменения акцентов в агитации и пропаганде. На партийном собрании того же завода «Красный пролетарий», где Микоян 14 мая 1965 года выступил с небольшой речью, ему были переданы две записки, которые он прочел. В одной из них было сказано: «Я видел по телевидению, какими аплодисментами были встречены слова Брежнева о Сталине. Как Вы к этому относитесь?» В другой говорилось: «Почему, вспоминая о Сталине как главе Государственного Комитета Обороны, Брежнев ничего не сказал о вине Сталина в наших поражениях в первые месяцы войны? Почему Брежнев не сказал, что перед войной было арестовано и уничтожено много тысяч коммунистов, что Сталин отверг предупреждение о готовившемся нападении Гитлера?»
Отвечая на эти записки, Микоян заявил:
Процедура ухода Микояна с поста главы государства была обставлена весьма торжественно. Произносились благодарственные речи. Микоян был награжден шестым орденом Ленина. Он остался при этом не только депутатом Верховного Совета от одного из округов Армении, но и членом Президиума Верховного Совета СССР. На XXIII съезде КПСС в 1966 году и на XXIV съезде в 1971 году Микоян избирался членом ЦК. Но он уже не входил в состав Политбюро.
Микоян в последние годы жизни