К осени 1944 года большая часть Литвы была освобождена от немецкой оккупации. Партийную организацию республики возглавил старый подпольщик, еще в 1927 году избранный секретарем ЦК КПЛ А. Ю. Снечкус. Однако Сталин не доверял бывшим подпольщикам. К тому же коммунисты не пользовались в Литве значительным влиянием, и большая часть католического литовского населения выступала против советизации Литвы. Было решено поэтому сформировать не только ЦК Литовской компартии, но и специальное Бюро ЦК ВКП(б) по Литовской ССР, наделенное чрезвычайными полномочиями. Председателем Бюро был назначен Суслов.
Как известно, после ухода немцев в Литве началось упорное сопротивление новой власти, переросшее в длительную и жестокую партизанскую войну. В сущности, это была настоящая гражданская война, в которой одна часть литовского населения поддержала Красную Армию, а другая выступила против нее с оружием в руках. Состав партизанских отрядов «лесных братьев» был пестрым. Здесь находились и люди, сотрудничавшие с оккупантами, и богатые крестьяне, и дети литовской буржуазии. Но оказалось немало и простых литовцев, выступавших за независимость своей республики. Борьба была очень трудной и кровопролитной. В ходе ее значительную часть населения республики просто депортировали в Сибирь. Из городов выселили представителей буржуазии и других «чуждых» классов, членов бывшей литовской администрации, лидеров национальных партий, а из сельской местности – крестьян, обвиненных в помощи «лесным братьям». Военные действия длились два года, пока партизанское движение в республике не было полностью ликвидировано.
Суслов был послан в Литву Сталиным и наделен чрезвычайными полномочиями. Его влияние распространялось и на другие республики Прибалтики. Не следует поэтому удивляться, что Суслов оставил по себе и в Литве, и в Прибалтике недобрую память. Когда он умер, многие литовцы открыто выражали свою радость.
Работа в ЦК ВКП(б)
Очевидно, Сталина вполне удовлетворяла деятельность Суслова. В 1947 году его переводят на работу в Москву, а на Пленуме ЦК избирают секретарем Центрального Комитета. В Секретариат тогда входили Жданов, Кузнецов, Маленков, Попов и сам Сталин. Суслов пользовался его полным доверием. В январе 1948 года именно Суслову было поручено от имени ЦК ВКП(б) сделать доклад на торжественно-траурном заседании по случаю 24-й годовщины со дня смерти Ленина. В 1949–1950 годах Суслов становится еще и главным редактором газеты «Правда». Его избирают членом Президиума Верховного Совета СССР. В 1949 году Суслов участвует в Совещании Информационного бюро коммунистических партий в Будапеште, где выступает с докладом, основным тезисом которого было осуждение Югославской компартии.
Еще в 1947 году Суслов сменил Г. Ф. Александрова на посту заведующего Отделом агитации и пропаганды ЦК. Он участвовал в кампании против «безродных космополитов», возглавлял комиссию, которая расследовала деятельность заведующего Отделом науки Юрия Жданова (сына А. А. Жданова), выступившего в 1948 году против Лысенко. Однако в целом роль Суслова как идеолога в 1947–1953 годах была невелика, ибо главным «идеологом» и «теоретиком» партии оставался сам Сталин.
Через несколько лет на XX съезде КПСС Суслов говорил о ненормальном положении, сложившемся в области идеологии в годы культа Сталина.
Однако нетрудно убедиться, что Суслов как идеологический руководитель партии был воспитан и сложился именно в сталинский период и печать догматизма, боязнь самостоятельности и оригинальности сохранилась у него на всю жизнь. Главным стремлением Суслова с первых же его шагов на поприще идеологии было не допустить какой-либо идеологической ошибки, то есть не войти в противоречие с текущими политическими установками директивных инстанций. Он хорошо знал, что посредственность и серость идеологических выступлений никем не преследуется, тогда как одна лишь «идеологическая ошибка» может привести к концу всей политической карьеры.