Агентурный (сухопутный) отдел состоял, согласно «Положению», из четырех отделений: Северное охватывало Скандинавские страны, Финляндию, Прибалтику, Мурманск и Архангельский район; Западное — Литву, Польшу, Галицию, Румынию, Германию и государства на территории бывшей Австро-Венгрии; Ближневосточное — Балканские страны, Турцию, Кавказ, Туркестан, Афганистан и Индию; Дальневосточное — Сибирь, Китай, Японию.
На начальника агентурного отдела возлагались следующие функции:
«1) Общее руководство работой подчиненных ему отделений.
2) Получая через Заместителя Начальника Управления или непосредственно из Консультантства разработанные задания, он их распределяет по соответствующим секторам и зорко следит за тем, чтобы эти задания правильно были бы переданы Начальникам Отделений или инструкторами агентам.
3) Все поступающие из отделений полученные от агентов донесения немедленно передает для оценки и разработки в Консул ьтантство.
4) В целях привлечения к агентурной деятельности возможно большего числа партийных работников поддерживает самую тесную связь как в центре, так и на местах со всеми партийными организациями и ячейками.
5) Разрабатывает при содействии Консультантства план агентурной и резидентской сети, принимая энергичные меры для насаждения последней на местах, и старается войти в связь со всеми партийными организациями, основавшимися в областях, занятых противной стороной.
6) Для проверки работы агентов и резидентов на местах периодически командирует особых контролеров и инспекторов.
7) Ведет общий учет и регистрацию агентов-ходоков и резидентов всего отдела…
12) При начальнике отдела состоит особое лицо для поручений, являющееся его ближайшим помощником, и 5 уполномоченных для связи с партийными организациями в центре и на местах».
По новому штату комсостав Региструпра выглядел так: заместитель начальника Управления — В. Павулан, для поручений при нем — Д. Ипполитов, начальник Агентурного (сухопутного) отдела — Н. Чихиржин (Назаров), для поручений при нем — В. Вальтер, места начальников всех четырех отделений были вакантны; Агентурный (морской) отдел или, как его еще называли, Морской разведывательный отдел, возглавлял А. Деливрон, Отдел военной цензуры — Я. Грейер, старшим консультантом Консультантства был В. Зиверт, шифрами по-прежнему ведали В. Панин и П. Озолин.
Между тем, видимо, из-за загруженности работой на фронте, Семен Иванович Аралов уже с апреля не подписывал приказы по Региструпру, а руководство тем временем подбирало ему замену. Председатель РВСР Л. Троцкий телеграфировал из Харькова 22 мая 1919 года: «…Не думаю, чтобы Лашевич был тверже Аралова. У него только другой уклон мягкости. Скорее уже для Полевого Штаба подходит Гусев…» 5 июня председатель РВС Республики телеграммой из Харькова передал ряд кадровых предложений для ЦК РКП(б) в связи с реорганизацией Украинского фронта. Аралова он предлагал назначить членом РВС 12-й армии. Назначение состоялось через две недели. Семен Иванович сдал дела по должности военкома ПШ новому члену РВСР С. Гусеву, а в самом начале июля сдал дела и по должности члена РВСР.
12-ю армию, куда направили Аралова, еще предстояло создать из частей 1-й и 2-й Украинских советских дивизий, в свою очередь сформированных из партизанских отрядов. Семен Иванович вспоминал: «В муках и тяжелых боях родилась эта армия. С первых дней ее существования я был свидетелем того, как она мужала, росла и закалялась, приумножая свои ратные дела». Армия вела бои с петлюровцами и польскими частями на западе, с войсками Деникина — на востоке, с греческими и венгерскими дивизиями — на юге, с войсками генерала Щербачева у румынской границы. Не говоря уже о многочисленных бандах, засевших в тылу. За это время 12-я армия дважды (декабрь 1919 и июнь 1920) освобождала Киев. В составе армии сражались известные командиры Красной армии: А. Якир, И. Федько, Г. Котовский, Н. Щорс и другие. Летом 1920 года армия понесла большие потери и в декабре была расформирована. Ее наградили Почетным революционным Красным Знаменем.
Уже тогда Семену Ивановичу пришлось поработать и на дипломатическом фронте. В качестве председателя делегации Главного командования армиями РСФСР он вел в октябре 1920 года в Бердичеве переговоры с поляками об установлении демаркационной линии. Благодаря его способностям границу с Польшей удалось отодвинуть и освободить без боев часть территории Украины.
После недолгой — всего в течение месяца — работы в должности члена РВС и помощника командующего Киевским военным округом по политической части, 18 января 1921 года С.И. Аралов был вызван в Москву в распоряжение Народного комиссариата по иностранным делам РСФСР, но, не желая уходить с военной работы, он через М. Фрунзе добился отмены вызова. Однако в апреле его все же отозвали в Москву.