Берзин и сам участвовал в научно-исследовательской работе Разведупра, был одним из авторов научного труда «Будущая война», в котором, на основании данных разведки, говорится и о «войне моторов», и о том, что война начнется без формального ее объявления. Кроме того, вместе с А. Никоновым под псевдонимами они написали работу о будущей войне против СССР (С.
Ян Карлович зачастую поступал, основываясь на положении, в соответствии с которым разведка должна не только информировать руководство, но и «решительно бороться со всякими попытками игнорировать ее указания», то есть «от ее работников, — как замечал С. Белицкий, — требуется величайшее гражданское мужество, ибо нет ничего легче, как затем говорить о том, что я, мол, вам об этом писал, а вы меня не послушали». Об одном из таких эпизодов рассказал выдающийся полководец и военный разведчик В. Чуйков. «Помню, в 1929–1930 гг. обстановка в мире, политическая атмосфера была напряженной, взрывоопасной. Многие руководители страны говорили, что усилия народа нужно переводить на военный лад, т. е. готовиться к войне. Проанализировав ситуацию, П.И. Берзин (вместе со своими ближайшими помощниками) открыто заявил руководству страны и Красной Армии, что войны не будет в ближайшие годы и основные усилия надо сосредоточить на восстановлении и развитии народного хозяйства. Берзин рисковал, говоря так, но это был хорошо продуманный шаг, подкрепленный данными разведки».
В первой половине 30-х годов Берзин руководил работой по подготовке партизанских кадров и специальной боевой партизанской техники, участвовал в строительстве укрепленных районов, в закладке продовольствия и оборудования для будущих партизанских баз. Он лично подбирал кадры, курировал работу партизанских школ. При этом учитывался и опыт отрядов «активной» разведки, действовавших в первой половине 20-х годов на территории Польши и Румынии. Вся эта работа проводилась в основном на территории Украинского военного округа. В IV Управлении Штаба РККА, как вспоминал «бог диверсий» И. Старинов, были разработаны мобилизационные планы развертывания войны в тылу агрессора. Старинов писал: «В 1932 году наша оборона на Западных границах зиждилась на использовании формирований партизан. Войска противника, перейдя государственную границу и углубившись на нашу территорию на сотню километров, должны были напороться на укрепрайоны и увязнуть в позиционной войне. В это время на оккупированной территории партизаны начинают организованное сопротивление и перерезают противнику коммуникации. Через некоторое время, лишившись свежего пополнения, подвоза боеприпасов и продовольствия, войска неприятеля вынуждены будут отступать. Партизаны начинают отходить вместе с противником, все время оставаясь в его тылу и продолжая диверсии. Могут даже перейти государственную границу. Это была очень хорошо продуманная система не только на случай оккупации части нашей территории. Базы закладывались и вне СССР. Очень важно было то, что готовились маневренные партизанские формирования, способные действовать как на своей, так и на чужой территории». Эта работа затормозилась в 1935-м, а спустя два года была названа подготовкой к государственному перевороту и ликвидирована, так же как и многие ее руководители и участники.
В этот же период «по инициативе Берзина начала создаваться служба радиоперехвата, проводимого с территории СССР и в разведываемых странах» (Н. Ляхтеров). Возглавлял радиоразведку Я. Файвуш, специалист в данной области еще со времен Гражданской войны, автор целого ряда книг и статей по вопросам разведки средствами связи. Появляется в Разведупре в начале 1930-х годов и дешифровальная служба. Начальником этого отдела назначен П. Харкевич, занимавшийся проблемой раскрытия шифров еще с 1923 года сначала в Народном комиссариате иностранных дел, а позднее в Специальном отделе ВЧК — ОГПУ.