Региструпр состоял из двух отделов: 1-го отдела военного контроля (то есть контрразведки) и 2-го — агентурного. В Агентурном отделе вместе с техперсоналом по штату числилось тридцать девять человек. При Региструпре были организованы Курсы разведки и военного контроля, сформированные по особому штату еще в октябре 1918 года. Разместился Региструпр в Москве на улице Пречистенка в домах №№ 35,37 и 39, где ранее размещался Оперод Наркомвоена и его разведотделение. Начальником Региструпра был назначен бывший начальник Оперода Семен Иванович Аралов, оттуда же пришло с ним и большинство сотрудников Управления. Отдел военного контроля находился в составе Региструпра всего два месяца, в декабре 1918 года он был передан ВЧК, где сменили все его руководство, большинство сотрудников и название. С января 1919 года это — Особый отдел ВЧК во главе с М. Кедровым.
9 января 1919 года РВСР в секретном приказе № 34 уточнил схему организации агентурной разведки на фронте: «В целях объединения ведения и организации тайной (агентурной) разведки в действующей армии РВСР постановил: 1) Штабам военных округов Московского, Ярославского, Западного, Уральского и Приволжского передать все органы агентурной разведки и кредит на них в соответствующие штабы фронта или армии; 2) Штабам Петроградского и Орловского военных округов продолжать вести агенту рную разведку впредь до особого распоряжения; 3) для согласования и общего руководства ведения агентурной разведки подчинить агентуру штабов фронтов и входящих в их состав армий (через штабы фронтов) Регистрационному Управлению Полевого Штаба РВСР; 4) кредит на ведение агентурной разведки штабов фронтов и округов (не входящих в состав армий) испрашивать через Регистрационное Управление».
Поскольку Семен Иванович Аралов занимал также должности комиссара Полевого штаба и члена РВСР, он практически все время находился вместе с ПШ в Смоленске, где располагались РВСР и Ставка Главкома. Поэтому в Реги-струпре появилась должность, не предусмотренная штатом. «В порядке внутренней службы и всего обихода все служащие Регистрационного Управления подчиняются тов. Павулану, который назначен постоянным заместителем начальника Регистрационного Управления» (приказ по ПШ РВСР № 47 от 8 ноября, параграф 6). Распределение обязанностей в руководстве Управления между техническим составом (консультанты) и политическим (комиссары) Аралов разъяснил в телеграмме, направленной в Москву 23 февраля 1919 года: «Штатом Региструпр предусматривался Начальник Управления и Консультант. На Консультанта возлагается специальное хозяйственное внутреннее руководство. На Комиссаров и меня политическое и выбор агентов в политическом отношении. Инструктирование же агентов и задание и поверка их знаний на консультантов. Ввиду своих частых отъездов и отсутствием из Москвы я своим приказом, а не штатом назначил заместителем тов. Павулана для решения неотложных политических вопросов. Предлагаю держаться лично штатов и приказов и работать в полном контакте и взаимодействии комиссаров и специалистов, каковое до сих пор было…» (Приказ по Реги-струпру ПШ РВСР № 15 от 23 февраля 1919 года).
Уже на следующий день после утверждения первого состава сотрудников Региструпра в нем произошли изменения: начальник Агентурного отдела В. Тарасов отбыл на фронт, а его обязанности стал исполнять с 9 ноября начальник Агентурного отделения Г. Кутырев. На посту начальника отделения Кутырева сменил его помощник В. Срывалин. Оба они — выпускники АГШ 1917 года.
19 февраля 1919 года начальник 1-го отделения 1-го отдела Региструпра Срывалин направил начальнику 1-го отдела Кутыреву доклад, в котором подробно охарактеризовал состояние агентурной работы Оперода Наркомвоена и Региструпра:
«15 февраля с.г. исполнилось десять месяцев существования органа агентурной военной разведки, начавшего свою деятельность сначала под названием “Разведывательного Отделения Московского Областного Военного Комиссариата”, затем перешедшего в ведение Оперативного Отдела Нарком-воен и ныне состоящего при Регистрационном Управлении Полевого Штаба Реввоенсовета Республики.
За этот десятимесячный период времени накопилось много материала, который позволяет в достаточной степени выяснить те условия работы, в которых протекает деятельность высшего ныне органа агентурной разведки. Из доклада… будет видно, какие причины неблагоприятствовали до сего и в дальнейшем будут мешать получению достаточно ценных результатов агентурной разведки…