В 1938 г. Ванникова назначили заместителем наркома оборонной промышленности вместо М.М. Кагановича. С начала сентября 1939 г. он начал разработку плана по созданию новых оборонных предприятий на востоке СССР с целью их удаления от границы с оккупированной Германией Польшей. Когда после немецкого вторжения появилась необходимость в срочной эвакуации военных заводов на восток, этот план оказался очень полезным.
В начале июня 1941 г., за несколько недель до нападения Германии на Советский Союз, Ванникова устранили с поста наркома и спустя несколько дней арестовали. Он обвинялся в причастности к заговору и в шпионаже в пользу Германии. На допросах он подвергся избиениям и пыткам. Однако его пребывание в подвалах Лубянки было недолгим. 17 июля 1941 г. из одиночной камеры Ванников был доставлен к следователю, который обратился к нему с неожиданной вежливостью, по имени и отчеству: «Борис Львович, если бы вдруг началась война с Германией и на первых этапах немцы достигли больших удач, куда можно было бы эвакуировать наши военные предприятия?» Ванников, удивленный вопросом (и, наверно, не в меньшей степени – косвенной информацией о начавшейся войне), после короткого раздумья сказал: «Я не могу ответить сразу, но я знаком со всеми предприятиями и за два дня смогу подготовить документ, который ответит на этот вопрос». Следователь сказал: «Отлично», – и оставил ему тетрадь и ручку для подготовки записки. Через два дня работа завершилась. Уже на следующий день после подачи документа раны Ванникова забинтовали, самого его перевезли в Кремль, и в выданной ему новой форме Ванников предстал перед Сталиным. В комнате находились также Л.П. Берия и В.М. Молотов. Сталин, держа в руках составленную Ванниковым записку, обратился к нему: «План ваш хороший. Передайте его наркому вооружения Устинову. Вас назначаем его заместителем, и сразу приступайте к реализации этого плана. Немцы уже подходят к Смоленску… Мы ошиблись. Подлецы оклеветали вас, но не обижайтесь, я тоже сидел в тюрьме». Здесь Ванников не выдержал и сказал: «Вы, товарищ Сталин, сидели у врагов, а я у своих». С этой встречи Ванников поехал прямо в Наркомат военной промышленности и приступил к исполнению обязанностей организатора эвакуации предприятий и возобновления их работы [Свердлов 2002: 250–251].
Осенью 1941 г. из Наркомата военной промышленности был выделен Наркомат по производству боеприпасов. После назначения Ванникова руководителем нового комиссариата в феврале 1942 г. производство боеприпасов увеличилось: в 1942 г. втрое, а годом позже – вчетверо. За деятельность на этом посту Ванникова наградили званием Героя Социалистического Труда. В 1944 г. ему присвоили звание генерал-полковника. В августе 1945 г. Сталин назначил Ванникова начальником Первого главного управления при Совнаркоме, предназначенного решать вопросы создания атомного оружия. Работу эту контролировал Л.П. Берия. 26 июля 1946 г. Ванникова назначили руководителем Управления атомной промышленности, а его заместителем стал физик А.Б. Иоффе [Мининберг 1995: 214–215; 252–254; Ржешевский 1990: 299].
Ванников не скрывал своего еврейства. Когда в 1945 г. он прибыл на завод в Горьком для испытания новой 85-миллиметровой пушки для танка Т-34, наступал праздник Песах. Во время визита Ванников попросил директора завода еврея Марка Орловского организовать пасхальную трапезу для них и их жен. Трапеза действительно была организована [Свердлов 2002: 253][53]
.Участник Гражданской войны Семен (Шимон) Александрович Гинзбург в годы Великой Отечественной войны исполнял обязанности народного комиссара строительства. Во второй половине 1920-х годов он окончил Московское высшее техническое училище, в 1937–1938 гг. служил заместителем наркома тяжелой промышленности и в 1939 г. был назначен наркомом строительства (этот пост он занимал до 1946 г.). Весь период его пребывания на последней должности государственное строительство целиком посвящалось военным нуждам. В мае 1950 г. в ходе обострения государственного антисемитизма Гинзбург был уволен по обвинению в денежных спекуляциях и в плохом управлении предприятиями его министерства [Кирьян и др. 1988: 140][54]
.Л. Мининберг упоминает в своей книге еще 30 евреев, исполнявших обязанности заместителей наркомов в наркоматах, управляющих оборонной промышленностью. Некоторые из них были одновременно директорами заводов, изготовляющих вооружение. Леонид Юлианович Белахов, заместитель наркома флота, получил орден Ленина за прокладку стратегически важного нефтепровода. Нефть для переработки шла в советский тыл из Баку через Каспийское море, а оттуда по временным трубам, установленным на кораблях и лодках вдоль Урало-Каспийского канала. Зимой этот канал замерзал, что не позволяло двигаться грузовым кораблям, поэтому нефтепровод, который проложил Белахов, имел большое значение. Летом 1944 г., когда Красная армия освободила Румынию, Венгрию и Австрию, возникла необходимость интенсивных перевозок по Дунаю. Белахов организовал на реке водный транспорт и переправу боевого снаряжения.