В сентябре 1915 года Колчак – командир Минной дивизии Балтийского флота, в апреле 1916 года – контр-адмирал, а уже в июне – вице-адмирал, командующий Черноморским флотом.
За отведенный ему судьбой год командования флотом Колчак успел немало: осуществил минирование турецкого побережья и входа в Босфор, наладил боевую учебу и подтянул дисциплину, а, главное, завоевал уважение личного состава флота. Во многом по этой причине Черноморский флот сохранял боеспособность до июля 1917 года. Были у Колчака и неудачи – самая большая из них гибель от взрыва его флагманского корабля – линкора «Императрица Мария» – на рейде Севастополя. Тайна этой трагедии не разгадана до сих пор. Версия о большевистском саботаже не опровергнута.
Колчак крайне тяжело воспринял отречение императора, и, как и генерал Корнилов, не нашел общего языка с Керенским. В итоге последний избавился от неудобного адмирала спешно отправив его в командировку в Великобританию и США.
В Россию Колчак вернулся через несколько дней после большевистского переворота, сообщение о котором застало его во Владивостоке. Власть большевиков категорически не принял, а их намерение вывести Россию из войны счел предательством. В полном отчаянии Колчак предложил свои услуги военного союзникам-англичанам, которые отказать ему не смогли, но, как использовать, не знали. В итоге они предложили Колчаку выехать в «столицу» КВЖД – Харбин. В апреле 1918 года Колчак прибыл к месту назначения, где его служба Великобритании закончилась, так и не начавшись.
Колчак решил пробираться на Дон к Деникину. По пути остановился в Омске, где вступил в контакт с представителями так называемой Директории – Временного всероссийского правительства, считавшего себя правопреемником свергнутого большевиками правительства Керенского. Колчаку был предложен пост военного министра, который он принял. О чем тут же пожалел: слабая и склочная Директория была не способна организовать отпор большевикам. Ровно через месяц она была ликвидирована, а пришедшее на смену новое правительство сочло необходимым сосредоточить всю полноту военной и гражданской власти в руках одного человека, учредив пост Верховного правителя. Как объективно единственный кандидат на этот пост им и стал Колчак.
Воодушевленная его приходом армия перешла в наступление и уже через месяц заняла Пермь. Однако, в тылах наступавшей армии было неспокойно: восстания и стихийные бунты следовали одно за другим. Едва ли не самое крупное восстание случилось в конце декабря в Омске, когда Колчак был тяжело болен. Верные ему части подавили восстание, допустив при этом случаи самосуда.
Разумеется, Колчаку очень не хватало опыта государственного управления, а сам он, как и положено военачальнику в условиях непреходящего кризиса, тяготел к жестким, а то и жестоким методам наведения порядка.
Несмотря на это авторитет Колчака в войсках был огромен, а главнокомандующий войсками Юга России генерал Деникин признал его Верховным правителем всей России. Весной 1919 года армии Колчака перешли в генеральное наступление, выйдя к началу апреля к Волге, а на севере нацелившись на Архангельск. Именно в этот момент Колчак допустил, возможно, роковую ошибку.
Еще в феврале 1918 года его представители установили контакт с Маннергеймом, бывшим русским генералом, изгнавшим большевиков из Финляндии и провозгласившим ее независимость. Авторитет Маннергейма в Финляндии был высок, а его армия численностью до 100 тысяч штыков – вполне боеспособна. Естественным образом возникла идея наступления финских войск на Петроград, которое могло бы окончательно склонить чашу весов на сторону белых. Известна была и цена, которую предстояло заплатить: от Верховного правителя России ожидали признания государственной независимости Финляндии. Колчак долго колебался и наконец в июне ответил Маннергейму отказом. Удивительно, но он сделал это в условиях, когда его наступление уже начало выдыхаться.
Можно сколько угодно говорить о патриотизме Колчака, о том, что он видел свою задачу в военном разгроме большевиков и не считал возможным обсуждать будущие границы России. Можно сетовать на то, что в нужный момент рядом с Колчаком не оказалось опытных советников, способных убедить его в необходимости договоренности с Маннергеймом. Можно, наконец, вспомнить, что в аналогичной ситуации большевики, не раздумывая, признали, например, независимость Эстонии, откуда была в итоге изгнана угрожавшая Петрограду армия генерала Юденича. Так или иначе, факт налицо: в сложной политической игре беспринципные большевики полностью переиграли принципиального Колчака. И смогли бросить на борьбу с ним свежие части, получив значительный перевес в живой силе и технике.