В оперативном отношении Евфратская речная флотилия подчинялась командованию фронтом, во всех других вопросах — Средиземноморской дивизии. В отношении службы тыла флотилия находилась в зависимости от Евфратской инспекции тыла, но тем не менее командующему флотилией приказом командующего фронтом (Фалькенгайна) была обеспечена широкая самостоятельность, и инспектору тыла было запрещено вмешиваться в сферу речных и технических его мероприятий. Ежедневная норма отправления грузов была установлена в 180–200 т. Было построено около 400 двойных шартуров способом, который описывался выше. Дальнейшие строительные возможности зависели от подвоза дерева, который был очень затруднен, и все зависело от достаточного запаса дерева на Верхнем Евфрате и его притоках. Охрану судоходства и обвехование реки несли моторные катера, заказанные в числе двенадцати в Германии. Базами им служили следующие 6 пунктов: Джераблус, Мескене, Рекка, Дар-эс-Сор, Албу-Кемал, Ана. В этих пунктах были оборудованы базы и имелись радиостанции. Командующий речной флотилией имел на своих кораблях 6 собственных радиостанций, благодаря чему он держал в своих руках службу наблюдения и связи на всем протяжении реки независимо от берегового телеграфа.
Для речных операций были организованы две группы: первая состояла из четырех 105-мм/40 орудий, поставленных на четыре канонерских шартура, и четырех шартуров с боевым запасом; кроме того, для каждого орудия имелась разборная береговая установка; вторая группа имела три 60-мм десантных орудия на шлюпочных и десантных установках; наконец, флотилия имела в своем распоряжении мины, тралы и подрывную партию.
Одна из групп речной флотилии должна была использовать находившиеся на Тигре 3 парохода для службы снабжения и организовать местное судоходство на келлеках подобно судоходству на шартурах по Евфрату.
Личный состав Евфратской речной флотилии покинул Константинополь 17 сентября и 24 сентября прибыл в Джераблус. Благодаря неутомимой деятельности командиру удалось справиться со всеми затруднениями и организовать речной транспорт. Особенной осторожности требовало обращение с командой шартуров, местными турками, которые были сведены в роты. Большие затруднения возникали в связи с заработной платой: бумажный турецкий фунт падал все больше и больше, местные жители принимали его по невероятно низкой оценке. Команда шартуров отказывалась отправляться в путь без оплаты твердой валютой; действительно, за бумажные деньги ничего нельзя было купить. Главной заботой командующего флотилией становилось добывание необходимой валюты. По прибытии шартуров на место назначения приходилось заботиться о том, чтобы шартуры возвращались обратно вверх по реке совместно (в случаях, если они не буксировались моторными катерами). Совместное возвращение было необходимо из-за арабских разбойничьих банд, которые грабили отдельных путешественников, не гнушаясь самой скудной добычей.
То, что генерал Фалькенгайн предсказал заранее, случилось в октябре 1917 г.; турецкие войска пришлось перебросить на палестинский фронт. Командование этой группой войск еще в октябре предполагалось перевести в Иерусалим.
Турецкие войска на Евфрате тем временем понесли существенное поражение. Турецкая евфратская группа была захвачена в плен англичанами; взятие Хита было не за горами. Взамен на фронт была направлена 50-я турецкая пехотная дивизия, переброшенная, главным образом, по реке Евфратской речной флотилией. Продовольственные затруднения заставили отвести турецкий 13-й корпус от Диалы на Тигр. Положение турецких войск ухудшалось еще из-за дезертирства. Но несмотря на перенос центра тяжести операций в Палестину, снабжение на Евфрате надлежало наладить в намеченных размерах, чтобы быть наготове для встречи всевозможных затруднений в деле обеспечения армии продовольствием и другим снабжением. Новой задачей для Евфратского речного отряда являлась теперь добыча хлеба и дров в северной части евфратского театра, доставка этих грузов по реке до Джераблуса и погрузка на железную дорогу для Палестины. Для этой цели приходилось продолжить тыловые коммуникации на север до горного хребта, находящегося на северо-восток от Самсата.