Но генерал Лукс записал в своем дневнике, что у него было полное намерение не подчиниться просьбе начальника. Он подружился с немецкими химиками. Он регулярно обедал с Вальтером Шибером и Рихардом Куном, и, по крайней мере, один раз Шибер провел ночь в доме Лоукса. "Я все равно их увижу", - написал он в дневнике 1 февраля 1950 года. На следующий день Лоукса снова вызвали в Пентагон. "Был в Пентагоне, - писал он, - долгое совещание с людьми из H.Q. Int. [штаб, разведка]... казалось, они заинтересованы в том, что мы делаем [в Гейдельберге] - хотели бы дать мне деньги, необходимые для использования немцев в целях научно-технической разведки". Другими словами, то, что одни в Пентагоне не хотели одобрять, другие готовы были поддерживать тайными средствами.
Секретный субботний "круглый стол" генерала Лукса с нацистскими химиками в его доме в Гейдельберге оставался скрытым от общественности в течение шести десятилетий. Бригадный генерал армии США вел дела с бывшим бригадным генералом Третьего рейха якобы в интересах Соединенных Штатов. Это была черная программа времен холодной войны, которая оплачивалась армией США, но официально не существовала. Не было ни сдержек, ни противовесов. Операция "Скрепка" превращалась в безголовое чудовище.
Рабочие отношения ЦРУ с JIOA и операцией Paperclip начались уже через несколько месяцев после создания агентства. В рамках ЦРУ Paperclip находилась в ведении Управления по сбору и распространению информации, и одним из первых, что запросил его администратор Л.Т. Шеннон, была " фотостатированная копия набора файлов, составленных доктором Вернером Осенбергом и состоящих из биографических данных примерно 18 000 немецких ученых". К зиме 1948 г. между JIOA и ЦРУ стали появляться сотни служебных записок. Иногда ЦРУ запрашивало у JIOA информацию об определенных ученых, а иногда JIOA просило ЦРУ предоставить ему сведения о конкретном ученом или группе ученых.
Также в первые три месяца существования ЦРУ Совет национальной безопасности выпустил директиву № 3, посвященную, в частности, "производству разведданных и координации деятельности по производству разведданных в рамках разведывательного сообщества". Совет национальной безопасности хотел знать, кто и как производит разведданные и как эта информация координируется между ведомствами. По мнению ЦРУ, "связь между научным планированием и военными исследованиями в национальном масштабе до сих пор не существовала". В результате был создан Комитет научной разведки (КНР) под председательством ЦРУ, в состав которого вошли представители армии, флота, ВВС, Госдепартамента и Комиссии по атомной энергии. "Уже в самом начале своего существования SIC взялся за определение научной разведки, выделение областей, представляющих особый интерес, и создание комитетов для работы в этих областях", - писал председатель SIC д-р Карл Вебер в монографии ЦРУ, которая оставалась засекреченной до сентября 2008 года. " Приоритет был отдан атомной энергии, биологической войне, химической войне, электронной войне, управляемым ракетам, авиации, подводной войне и медицине - всем областям, в которых были задействованы ученые, работавшие в операции "Скрепка". Было создано восемь подкомитетов по научной разведке, по одному на каждое направление боевых действий.
Несмотря на срочность, план JIOA по превращению операции "Скрепка" в долгосрочную программу все еще находился в тупике. К весне 1948 года из тысячи немецких ученых , направлявшихся в Америку, прибыла половина, но ни у одного из них не было визы. Смутьян Самуэль Клаус ушел из Госдепартамента, но JIOA по-прежнему не могла заставить визовый отдел действовать достаточно быстро. 11 мая 1948 г. начальник военной разведки генерал Стивен Дж. Чемберлин, человек, который в 1947 г. проводил брифинг для Эйзенхауэра, взял дело в свои руки. Чемберлин отправился на сайт к директору ФБР Дж. Эдгару Гуверу, чтобы заручиться его помощью в получении виз. Паранойя времен "холодной войны" была на подъеме, и оба они были убежденными антикоммунистами. Успех операции Paperclip, по словам Чемберлина, был важен для национальной безопасности. ФБР должно было бояться коммунистов, а не нацистов. Гувер согласился. По словам Чемберлина, сейчас, как никогда, новобранцы "Скрепки" нуждались в обещании американского гражданства, пока их еще не украли русские. Чемберлин попросил Гувера оказать давление на Государственный департамент. Дж. Эдгар Гувер ответил, что посмотрит, что можно сделать. Что сделал Гувер, если вообще что-то сделал, остается загадкой. Через три месяца первые семь ученых получили американские иммиграционные визы. Настало время проверить процесс перехода.