Есть в книге спорные и нерешенные проблемы, местами видны следы воздействия предшествующей историографии. Так, в монографии 1964 г. непонятно, почему, сохранено понятие централизованного государства (впрочем, используемого и до сих пор), хотя применительно к первой половине XVI в. сам A.A. Зимин, в качестве соредактора 1-го тома «Истории СССР с древнейших времен» упразднил этот термин в пользу «единого» [18]. Мысль об отсутствии принципа обязательности представительства на Земском соборе 1566 г. (поскольку некоторых групп городового дворянства там не было) противоречит другой — об экстренности созыва собора, в результате чего и мог быть нарушен вышеуказанный принцип. Несколько непоследователен автор и в трактовке причин опал и казней. Из заключения книги можно сделать вывод, что речь шла исключительно об «истреблении действительных врагов», хотя это противоречит приводимым им самим фактам и, разумеется, действительности. Нет объяснения, как, впрочем, и у его предшественников, причин казни приказных деятелей во время великой бойни в июле 1570 г. на Поганой луже в Москве.
Несмотря на это, исследование A.A. Зимина — значительный этап в изучении этого мрачнейшего, периода правления Грозного. Впервые на материалах, современных опричнине, уточнена ее территория. Восстановлены биографии опричников и приближенных к царю ведущих опричных деятелей. A.A. Зимин показал и судьбы боярско-княжеской вотчины, уступавшей свои позиции поместью. Благодаря систематическому использованию писцовых книг и актового материала разрушительные последствия опричнины предстают перед читателем с удручающе-убедительной достоверностью. Что же касается управления, то здесь A.A. Зимин продолжил наблюдения П.А. Садикова и пришел к выводу, что в опричнине воспроизводилась стандартная для того времени структура, иногда возрождающая более архаичную. Поэтому в своей книге A.A. Зимин невольно продемонстрировал бесплодность поисков государственной целесообразности этого политического эксперимента.
Современники восприняли исследование A.A. Зимина об опричнине как огромный шаг вперед, прежде всего в освобождении мысли историка от идеологических догм. Непримиримый разоблачитель культа Сталина-Грозного С.М. Дубровский писал о книгах С.Б. Веселовского и A.A. Зимина, что в них «