При о. Назаріи возникъ внутренній четыреугольникъ обители, и состоягцій изъ каменныхъ сооруженій: собора, двухъ церквей, ризницы, трапезы и келлій. Монастырь включенъ въ число штатныхъ монастырей, и штатъ опредѣленъ въ 30 человѣкъ, строитель возведенъ въ санъ игумена. Императоромъ Павломъ пожалованы монастырю Кюменскія рыбныя ловли, главный источникъ его содержанія. По волѣ митр. Гавріила, О Назарій ввелъ на Валаамѣ общежительный уставъ Саровской пустыни и установилъ три рода жизни: общежительный, скитскій и пустынный. Слава о Валаамѣ стала расходиться по православному міру, даже приходившіе туда аѳонскіе иноки смотрѣли на него съ удивленіемъ, говоря, что по внутреннему устройству онъ выше аѳонскихъ мокастырей.
Отецъ Назарій подавалъ всѣмъ примѣръ своей жизнію. Строгій исполнитель устава, онъ во всѣхъ трудахъ общежитія подвизался впереди всѣхъ. Особенно любилъ онъ безмолвіе и удалялся на цѣлыя недѣли въ уединенную пустыню. Кромѣ возстановленія древняго Валаама, о. Назарій оказалъ великую услугу дѣлу православной проповѣди въ русскихъ сѣвероамериканскихъ владѣніяхъ. По благословенію Сѵнода, онъ избралъ изъ братіи Валаама десять человѣкъ миссіонеровъ. Изъ нихъ особенно памятны: архимандритъ Іоасафъ, начальникъ миссіи, возведенный въ санъ архіерея и утонувшій, іеромонахъ Ювеналій, принявшій мученическую кончину, и монахъ Германъ. Послѣдній былъ яркимъ носителемъ Паисіевской традиціи; не смотря на всѣ трудности миссіонерской работы среди дикой Аляски, идя путемъ «внутреннего дѣланія» и уча этому другихъ, онъ достигъ святости въ такой мѣрѣ, что былъ въ общеніи съ міромъ духовъ и съ природой: молитвой останавливалъ наводненіе, пожаръ, кормилъ изъ рукъ дикихъ звѣрей, творилъ чудеса и даромъ прозорливости видѣлъ на десятки и сотни лѣтъ впередъ.
Вотъ два случая изъ жизни о. Назарія. Въ царствованіе Екатерины II у Петербурга произошло морское сраженіе со шведами. Весь городъ былъ въ страхѣ, митрополитъ молился, заключившись въ келлію. Въ это время о. Назарій настоятельно потребовалъ свиданія съ митрополитомъ и увѣрилъ его въ побѣдѣ и безопасности. Въ подтвержденіе своихъ словъ показалъ на сторонѣ моря души убитыхъ воиновъ восходящихъ на облакахъ къ небу. Другой случай такой. Сановникъ К. подвергся царской немилости. Его жена умоляла о. Назарія молиться за мужа. Тотъ обѣщалъ попросить царскихъ приближенныхъ. — «Всѣхъ ужъ просила», отвѣчала жена опальнаго. — «Да не тѣхъ кого надо», отвѣтилъ о. Назарій и, взявъ у К. много мелкихъ денегъ, отправился раздавать ихъ бѣднымъ. Только къ вечеру онъ, роздалъ все и вернулся въ обезпокоенную семью со словами: — «Ну, слава Боіу, обѣщали всѣ приближенные царскіе просить за васъ». Вслѣдъ за тЬмъ пришло извѣстіе, что дѣло кончилось благополучно. Тогда, отвѣчая на вопросъ, объяснилъ о.Назарій кто тЬ приближенные, которыхъ онъ просилъ и какого Царя.
Когда былъ предпринять переводъ–пересмотръ перевода «Добротолюбія», присланнаго м. Гавріилу старцемъ Паисіемъ провѣряли таковой учителя, знаюгціе греческій языкъ, Александро–Невской Академіи. Митрополитъ предписалъ ученымъ переводчикамъ во всемъ совѣтываться съ духовными старцами и, прежде всего указалъ на о. Назарія. «Они изъ опыта лучче васъ понимаютъ духовныя истины», сказалъ Митрополитъ. Въ 1801 г. о. Назарій испросилъ себѣ увольненіе на покой. Онъ вернулся въ Саровъ, гдѣ полагалъ начало монашеству. Тамъ онъ устроилъ себѣ пустынную келью въ лѣсу при рѣчкѣ Саровкѣ. Когда хватало силъ, онъ въ ночное время ходилъ по лѣсу, совершая на память молитвословіе 12–ти псалмовъ, и къ разсвѣту возвращался въ келью. Не разъ встрѣчался онъ съ медвѣдями, которые его не трогали и онъ ихъ не боялся. Многіе отшельники повѣряли ему свои помыслы (Однимъ изъ таковыхъ былъ и преп. Серафимъ. Эти годы соотвѣтствовали центральному періоду подвига преп. Серафима, когда онъ жилъ въ лѣсу пустынникомъ. Можно съ увѣренностью предположить, что не безъ участія о. Назарія познакомился преп. Серафимъ съ «Добротолюбіемъ», на которое онъ многократно впослѣдствіи ссылается. Въ одномъ жизнеописаніи преп. Серафима есть прямое указаніе на ихъ близость съ о. Назаріемъ).
Въ Тамбовскомъ и Нижегородскомъ краю образовалось подъ руководствомъ о. Назарія много женскихъ общежитій. Имѣя даръ прозорливости о.
Назарій видѣлъ обнаженными человѣческія мысли и грѣхи. Дѣлатель умной молитвы, такъ писалъ о ней старецъ — «Помолимся духомъ, помолимся и умомъ. Взойдите–ка въ слова апостола Павла: «Хощу рещи лучше пять словъ умомъ, нежели тысячу языкомъ». Изобразить не могу, сколь мы счастливы, что сіи пять словъ удостоилися говорить. Что за радость. Господи, Іисусе Христе, помилуй меня грѣшнаго. Вообразите–ка: Господи, Кого я называю. Создателя, Творца всего, Кого вся силы небесныя трепещутъ. Умъ и сердце собрать во едино, глаза закрыть, мысленныя очи возвести къ Господу. О сладчайшій и дрожайшій, Господи, Іисусе Христе Сыне Божій».