Может сложиться впечатление, что Эскрива старается сохранить нейтралитет по отношению к режиму Франко, даже если в глубине души ощущает некоторую симпатию к лидеру, который по мере своих сил стремится быть честным католиком. Обвинение в «профранкизме» не подтверждается, разве что в том общем смысле, что вначале большинство испанских католиков поддерживали Франко. Во-первых, как мы видели выше, члены Opus Dei активно участвовали в оппозиции режиму Франко. Самое большее, что можно сказать, — что сам Эскрива не был «антифранкистом». Его главной заботой была стабильность испанского общества, стремление не подпускать к власти радикальные движения, чтобы не допустить ужасов новой гражданской войны. Эскрива не пытался навязывать политические решения ни членам Opus Dei, ни властям Испании.
Некоторые критики Opus Dei заявляют, что Эскрива был разочарован той либерализацией, которую привнес в римский католицизм Второй Ватиканский собор, и обижен на двух пап этого собора Иоанна XXIII (1958–1963) и Павла VI (1963–1978). Джон Роч, член Opus Dei с 1959 по 1973 год, написал, что Эскрива по этому поводу заметил, что он «больше не верит папам и епископам, а только Господу Иисусу Христу» и что «дьявол таится в самых высокопоставленных служителях церкви». Бывший член Opus Dei отец Вольдемар Фельцман, британский подданный чешского происхождения, сказал, что Эскрива был так возмущен литургическими реформами Ватикана II, что однажды даже рассматривал идею перехода Opus Dei в лоно православной церкви, пока не обнаружил, что «их церкви и конгрегации слишком малы для нас».
Большинству членов Opus Dei очень трудно согласиться с этим обвинением — наоборот, они настойчиво утверждают, что Эскрива опередил «призыв Ватикана II к святости». А именно: Эскрива сказал, что святость не является прерогативой религиозной элиты, за несколько десятилетий до того, как Ватикан II сформулировал это в качестве религиозной доктрины.
19 августа 1979 года папа Иоанн Павел И в своем приветственном обращении к студентам, связанным с Opus Dei, сказал, что откровение Эскрива «предвосхитило ту теологию мирян, которая характеризовала церковь во время проведения собора и постсоборного периода».
По меньшей мере формально Эскрива не препятствовал работе Ватикана II. Два священника Opus Dei Портильо и Эрранс работали в комиссии собора по подготовке документов. Они также укомплектовали штаты комиссии по делам духовенства, которая подготовила декрет
Кроме того, что бы ни говорил Эскрива в моменты разочарований, кажется совершенно невероятным, что он когда-либо думал об официальном разрыве с папой. Фактически верность папству — отличительный признак Opus Dei.
Итальянский журналист Андреа Торнелли в самой свежей биографии Эскрива цитирует кардинала Джованни Кели, бывшего главу Папского совета по пастырскому попечению мигрантов и беженцев, который беседовал с Эскрива вскоре после смерти Иоанна XXIII. Кели рассказал, что он начал разговор с Эскрива о возможных кандидатурах на папский престол, но Эскрива его прервал со словами: «Даже если папой изберут человека из племени дикарей с кольцами в носу и в ушах, я немедленно брошусь к нему в ноги и скажу, что Opus Dei в его безусловном распоряжении». Еще был случай, когда государственный секретарь папы Павла VI французский кардинал Жан Вилльо сообщил Эскрива, что папе не понравился текст о секулярных организациях, написанный Эскрива. Ответ Эскрива был совершенно четким: «Ваше преосвященство, скажите Святому Отцу, что я не Лютер или Савонарола, что я всем сердцем принимаю решения Святого Отца и напишу ему письмо, чтобы подтвердить мою совершенную готовность отдать себя римскому понтифику, на службу церкви».