Надобность в наличие такой структуры понимали и последующие папы, которые подтверждали привилегии госпитальеров и предоставляли им новые дополнительные привилегии, вплоть до изъятия Ордена из подчинения местных церковных и даже светских властей.
В X в. члены братства занимались только так называемой госпитальер-ской деятельностью. Но уже в XI в. у ордена появляются дополнительные обязательства по обороне своей собственности в государстве крестоносцев. Госпитальеры наряду с помощью больным активно участвуют в расширении и укреплении границ Иерусалимского королевства. С течением времени, благодаря вступлению в его ряды знатных лиц, щедрым пожертвованиям от коронованных властителей Европы, орден становится владельцем обширных территорий, приносивших большой доход.
Однако церковные реформы папы Григория VII довели идею церковноадминистративной верховной власти папы до логического конца. Святой Престол попытался распространить примат папы и на область политики. Примат Святого Престола в области догматов уже на протяжении многих веков никто не подвергал сомнению. И в церковной иерархической администрации, хотя и не без сопротивления, верховенство папы было принято. Григорий VII и его преемники путем переосмысления прежнего дуализма в органичном единстве с церковным универсализмом, а также под руководством папы хотели осуществить и политический универсализм. Для реализации этой концепции во главе христианского сообщества должен находиться папа, который занимает и место императора1.
Почвой и питательной средой для эффектного политического мифа всегда оказывается массовая (общепринятая) нормативность. Это чаще всего нормативность представлений о должном и о справедливости. И тогда «справедливость» претензий к власти оказывается главным мотором революций. Вот тогда «справедливость» заявления о высшей ценности «слезинки ребенка» может блокировать любую политику власти, всегда стоящей перед практическим выбором из плохого и самого худшего. И тогда «справедливость» утверждения о невозможности сотрудничества с врагом лишает легитимности оппозицию, заподозренную в подобном сотрудничестве. А «справедливость» тезиса о необходимости защиты и лечения паломников, направляющихся в святые места, оказывается главным мотивом создания и существования большинства (имеющих очень слабое отношение к гуманитарности и справедливости) рыцарских орденов.
В конце XIII в. внимание пап было обращено на страны, лежащие за пределами Италии. Рим оказывал серьезную поддержку восточным завоеваниям Немецкого рыцарского ордена, осевшего в Пруссии. В то же время отчасти в результате распрей между рыцарскими орденами тамплиеров и госпитальеров, а в первую очередь в результате освободительной борьбы балканских народов византийский император, заключивший союз с Генуей против Венеции, в 1261 г. восстановил свою власть на территории Латинской империи. Внутри церкви папы на стороне нищенствующих орденов вмешивались в дискуссии — в первую очередь в Парижском университете — о понятии «бедность». Но за внешним различием взглядов стоял антагонизм между богатым высшим духовенством и нищенствующими орденами. В Европе возникает недовольство богатыми орденами тамплиеров и госпитальеров. Действительно у этих привеллегированных орденов материальные заботы стали настолько превалировать над духовными, что даже папа Григорий IX стал упрекать госпитальеров, что они «не защищают Палестину, а мешают тому, предаваясь раздорам из-за какой-то мельницы».
При понтификате папы Николая IV пали последние крепости, находившиеся в руках христиан в Палестине и Сирии: в 1289 г. — Триполи, а в 1291 г. — Акра. Падение Иерусалимского королевства, созданного крестовыми походами, заставило орден госпитальеров отступить вначале на Кипр, а затем захватить Родос. Здесь создается государство, занятое не только обороной собственных владений, но и борьбой с мамлюками, а с XIV в. — с османами. При этом госпитальеры нередко сами совершали пиратские набеги на своих врагов. На Родосе полностью сложилась организационная структура ордена.