Софья Фоминична и Василий Иванович сразу же оказались на вторых ролях, что их совершенно не устраивало. С течением времени, как писал историк О. В. Творогов, «в семье великого князя разгорелся значительный по своим последствиям конфликт. Причины его до конца не ясны, но, вероятно, сыграли роль какие-то сепаратистские тенденции, к возможности которых, памятуя о феодальной войне при Василии II, Иван относился крайне болезненно. Во всяком случае, летопись сообщает, что уже в первой половине года Иван начал „гневаться“ на сына Василия (ему было в это время восемнадцать лет) и на свою жену Софью Палеолог. В декабре недовольство Ивана достигло своей кульминации: он велел схватить сына и „посади его за приставы на его же дворе“. Василия обвинили в том, что он будто бы хотел „отъехать“ от отца, „пограбить казну“ в Вологде и Белоозере и учинить какое-то насилие над своим племянником Дмитрием. Единомышленников Василия – дьяка Федора Стромилова, сына боярского Владимира Гусева, князей Ивана Палецкого Хруля, Щавея Травина-Скрябина и других – предали жестокой казни: кого четвертовали, кому отрубили голову, кого разослали по тюрьмам. Опале подверглась и великая княгиня Софья: посещавших ее „с зельем“ „баб лихих“ утопили в Москве-реке в проруби. Победу одержало окружение Дмитрия (сына Ивана Ивановича Молодого) и его матери Елены Стефановны», – писал историк О. В. Творогов в своей книге.
В феврале 1498 года дед венчал его на Великое княжение, объявив наследником и соправителем.
Однако через четыре года судьба Дмитрия круто переменилась: дед велел схватить девятнадцатилетнего внука и его мать и «бросить за сторожи».
7 апреля 1503 года, через год после ареста Дмитрия и Елены Стефановны, Софья Фоминична умерла, добившись в конце жизни своей самой заветной мечты – оставить московский трон старшему сыну Василию.
Похоронив жену, Иван III вскоре составил завещание – духовную грамоту, по коей пожаловал старшему сыну Василию 66 городов, а четырем младшим всем вместе – 30, да и то владения Андрея и Семена до их совершеннолетия передавались их опекуну, тому же Василию.
Уже тяжелобольным, за полгода до смерти, Иван III решил женить старшего сына и в августе 1505 года приказал привезти в Москву полторы тысячи красивых и здоровых девиц из лучших семей Руси для того, чтобы выбрать из них одну и надеть ей обручальное кольцо, провозгласив Великой княгиней Московской.
Счастливицей оказалась дочь боярина Юрия Константиновича Сабурова – Соломония, чей отец, дед и прадед верой и правдой служили великим князьям Московским и наместниками и воеводами.
Свадьбу сыграли 4 сентября 1505 года, а 27 октября 1505 года Иван III скончался. Двадцатишестилетний Великий князь Московский Василий III взошел на прародительский престол.
…Елену Стефановну умертвили в тюрьме зимой 1505 года, а ее несчастный сын так и оставался в узилище, где суждено было ему умереть через четыре года.
Н. М. Карамзин об Иване III