Если не учитывать указанных психологических и идеологических факторов, то достаточно трудно, если вообще возможно, понять происходившее в сфере обеспечения органами ВЧК — ОГПУ безопасности Вооруженных сил и страны в целом. В отличие от военных, чекисты после окончания Гражданской войны не прекратили воевать. Они, что называется, «не вышли из боя» с иностранными разведками, поскольку те не собирались складывать оружие, применяя его на тайных фронтах. Это объективный фактор, еще раз доказанный нашим исследованием.
Борьбу с внешними угрозами, с разведывательно-подрывной деятельностью противника нельзя рассматривать изолированно от противодействия внутренним угрозам для обороноспособности РСФСР — СССР и конкретно для нашей армии и флота. В совокупности взятый фактический материал, составивший основу нашей работы, позволяет сделать вывод, что с внутренними угрозами справиться было даже сложнее, чем устранить или минимизировать внешние. Значительно более широкий спектр внутренних угроз и их масштабность по сравнению с внешними объективно переносили центр тяжести в работе органов госбезопасности именно на «внутренний фронт». Здесь свои усилия объединяли Особый, Контрразведывательный, Секретный, Информационный отделы и их местные органы, аппарат политического контроля (ПК), Экономическое управление и некоторые другие подразделения ВЧК — ОГПУ. На разных этапах роль и значение того или иного отдела (управления) возрастали или снижались. Однако основным ядром общей системы ОГПУ, задействованной в обеспечении безопасности вооруженных сил, без сомнения, являлся Особый отдел, как это и было определено Положением о нем от февраля 1922 г. Попытки некоторых ответственных работников ВЧК — ОГПУ, включая и Ф. Дзержинского, превратить особые органы в нечто подобное военной милиции оказались на деле проявлениями субъективизма. Практика показала и доказала, что ограничение сферы деятельности особых отделов лишь выявлением недостатков в жизнедеятельности войск, а также борьбой с хозяйственными, воинскими и иными (негосударственными) преступлениями приводило к деградации указанных аппаратов органов госбезопасности. В таких условиях особые отделы теряли свои лучшие кадры, поскольку наиболее профессионально подготовленные из них и приобретшие опыт противодействия в войсках противнику в лице иностранных разведок и эмигрантских центров, тяготились несвойственной чекистам работой.
Однако не этот фактор повлиял на пусть и постепенное, но расширение круга задач особых отделов, возвращение им права вести борьбу со шпионами и контрреволюционными проявлениями. Сложности восстановления и реконструкции народного хозяйства, неуклонное усиление диктатуры большевистской партии, всевластия партийной номенклатуры, а затем и лично И. Сталина объективно вызывали опасения в наличии полной политической лояльности войск, их командных кадров. Полагаться в этом вопросе только на комиссаров и помполитов было по крайней мере неразумно, а то и опасно. Неслучайно, что Особый отдел ГПУ — ОГПУ зачастую адресовал свои докладные записки напрямую в ЦК РКП(б) — ВКП(б), а с конца 1920-х годов и лично Генеральному секретарю, и лишь вторые экземпляры поступали председателю РВСС и наркому по военным и морским делам К. Ворошилову, а нередко адресовались заместителю председателя РВСС И. Уншлихту, более близкому чекистам в плане положительных оценок их усилий.
Особисты не останавливались и перед подачей информации о действиях некоторых крупных политработников. Это проявилось особенно ярко в деле «внутриармейской оппозиции», представители которой позволили себе усомниться в правильности решений Политического бюро ЦК ВКП(б) по проведению в жизнь принципа единоначалия или, как минимум, темпов его внедрения.
Начиная с середины 1920-х годов особые отделы уделяли пристальное внимание троцкистской оппозиции среди политработников и командиров РККА. На этом участке работы большое значение приобрела взаимная информация с секретными (позднее секретно-политическими) отделами органов ОГПУ, которые являлись головными в борьбе с оппозиционными элементами. Ввиду наличия партийных установок на недопущение фракционной деятельности в войсках, особые отделы ограничивались давлением на командование с целью увольнения оппозиционеров с военной службы. Исключение из общего правила, и то по специальным решениям ЦКК ВКП(б), составляли известные участники Гражданской войны, такие как В. Примаков и В. Путна.