Автоматика пистолета и система запирания канала ствола выполнены по схеме «Браунинг Хай Пауэр». Запирание производится за счет сцепления прямоугольного выступа казенной части ствола с пазом окна затвора-кожуха. При движении ствола и затвора назад происходит снижение казенной части ствола (за счет взаимодействия его нижнего прилива с поперечной планкой стальной вставки в рамку) и расцепление с затвором. Ограничителем движения ствола и всей подвижной системы вперед служит подпружиненный замыкатель ствола – его вертикальный ползун выполнен заподлицо с обеих сторон посередине рамки. Затвор-кожух выполнен из стальной поковки, сзади закрыт пластиковой крышкой, вставляемой в его вертикальные пазы. Вся конструкция выполнена по модульному принципу, позволяющему модифицировать оружие в широких пределах. Сборка возвратного механизма помещается под стволом.
Ударно-спусковой механизм – ударникового типа, двойного действия, включает несколько ступеней предохранения от самопроизвольного выстрела. Спусковой механизм собран в отдельном корпусе, извлекаемом из рамки при полной разборке. Неавтоматический предохранитель отсутствует (подобно австрийскому «Глок» или американскому «Сигма»), но есть автоматические предохранители спускового крючка и ударника. Первый выключается при начале нажима на спуск, похож по действию на пистолеты «Глок», но конструктивно выполнен иначе. В Р99 спусковой крючок состоит из двух частей – нижняя служит собственно крючком и своим задним выступом упирается в рамку. При нажиме крючок поворачивается вверх и задний выступ проскакивает в вырез рамки – первая ступень предохранения снята. Затем нижняя часть крючка упирается в верхнюю и поворачивается вместе с ней. При этом изогнутая спусковая тяга подается назад-вверх, его верхний отросток приподнимает автоматический предохранитель ударника, выполненный в виде вертикальной подпружиненной заслонки с пазом для бойка. При полном нажиме на спуск заслонка поднимается так, что открывает проход бойку – снята вторая ступень предохранения. Ударник имеет две цилиндрические винтовые пружины – боевую и отбоя. Во взведенном положении боевая пружина сжата, а отбоя – отпущена. Ударник удерживается подпружиненным шепталом, которое в свою очередь подпирается промежуточным шепталом. Последнее сзади упирается в выступ спусковой тяги, и при ненажатом полностью спуске срыв ударника невозможен. Спусковая тяга, идя назад, отклоняет промежуточное шептало назад, шептало ударника поворачивается, происходит спуск. Ударник идет вперед, сжимая пружину отбоя, а наколов бойком капсюль, отходит несколько назад, чем и обеспечивается безопасность при досылании патрона в патронник при перезаряжании и частично взведенное положение после перезаряжания.
Затвор-кожух, двигаясь назад, отжимает вниз спусковую тягу, разобщая его с шепталом. Необходимость взведения ударника с не слишком сильной боевой пружиной потребовала большого хода спускового крючка при спуске самовзводом, что может дополнительно ухудшить меткость первого выстрела. Ударный механизм можно взвести небольшим смещением назад затвора-кожуха, недостаточным для перезаряжания, – существенное отличие от других «ударниковых» пистолетов. Но и при предварительно взведенном ударнике первый выстрел требует такого же большого хода спускового крючка, что и при самвовзводе, – 14 мм. Зато последующие выстрелы требуют хода спуска всего 5 мм. Усилие спуска самовзводом – 4,3 кгс, с предварительным взведением ударника – 2,3 кгс. Заменой сборки ударника ударно-спусковой механизм можно превратить в только самовзводный.
Обычным приспособлением для современных пистолетов стал рычаг безопасного спуска курка или ударника. В Р99 он заменен нажимной клавишей, выполненной на левой грани в задней части затвора-кожуха. Передний выступ клавиши перехватывает спущенный ударник, прежде чем тот достигнет своего автоматического предохранителя. Спусковой механизм возвращается в более безопасное «самовзводное» состояние. По «мерам безопасности» Р99 превзошел большинство других пистолетов с пластиковой рамкой и ударниковым механизмом. Над рукояткой помещена головка рычага затворной задержки. В кон – струкции используются сквозные трубчатые оси и штифты, делающие сборку несколько проще, чем, скажем, у «Вальтера» PR Имеются указатели наличия патрона в патроннике и взведения ударника. Роль первого играет выбрасыватель с нанесенной на него красной меткой – она становится видимой при заскакивании зуба выбрасывателя в проточку гильзы патрона. Указателем взведения ударника служит его задний конец с ярко- красной точкой – при взведении он выступает из углубления в задней крышке затвора-кожуха. Положение указателей взведения и наличия патрона в патроннике может быть быстро определено стрелком как визуально, так и на ощупь.