Конструкторы и производственники, разрабатывавшие диффузионные машины, столкнулись с массой проблем. В отличие от американской одноступенчатой машины, И. Н. Вознесенский со своим бюро проектировал многоступенчатый агрегат с несколькими десятками компрессоров, крыльчатки которых расположены на одном валу. Газовая ураносодержащая фракция должна была сквозь специальные фильтры из микропористого металла диффундировать из секции в секцию. Агрегаты предполагалось объединить в каскад, а из нескольких каскадов создать завод. Но машина получилась технологически чрезвычайно сложной, её невозможно было запустить в серийное производство. Вскоре выяснилось, что это тупиковый путь - проще и дешевле построить 24 одноступенчатых копрессора, чем один 24-ступенчатый блок. Скоростная гонка, когда нет времени на капитальную проработку, приносила печальные результаты. Идея многоступенчатых газодиффузионных машин была признана порочной и отвергнута. Но время ушло, график проектирования и производства был сорван. Последовали бурные дискуссии в Спецкомитете и непременные оргвыводы. И. Н. Вознесенский скончался, у 59-летнего ученого не выдержало сердце.
Но параллельно с разработкой многоступенчатых машин велось проектирование одноступенчатых с вертикальной компоновкой бака-делителя. На него монтировался высокооборотный центробежный компрессор, приводимый в движение специальными асинхронными двигателями, работающими в агрессивной газовой среде. После проведения открытого конкурса разработок Кировского и Горьковского заводов в конце 1946 года спроектировали новый вариант газодиффузионного завода. Но в ходе испытаний выяснилось, что машины ленинградского производства ненадежны. Было принято решение комплектовать завод Д-1 горьковскими машинами ОК-7 с горизонтальным, а не вертикальным расположением бака-делителя. В соответствии с принятой технологической цепочкой, общее количество агрегатов, объединенных в единый "каскад каскадов", должно было составить 7216 штук. В эксплуатацию их предполагалось вводить отдельными очередями.
"Это сегодня технология получения высокообогащенного урана доведена до совершенства, - вспоминает главный конструктор специального КБ№1 Кировского завода Николай Михайлович Синев. - А тогда... Были моменты, когда у некоторых руководителей и разработчиков зарождались сомнения и неверие в успех. Давил фактор времени. Каким будет диффузионный завод, какая нужна техника? - в начале 46-го ещё никто толком не знал..."
Принципиально новое производство требовало не только новых технологий. Необходимы были сложные системы автоматизации, контрольно-измерительные приборы нового типа, стойкие к агрессивным средам материалы, подшипники, смазки, вакуумные установки и многое другое. Для получения одного килограмма обогащенного урана нужной концентрации требовалось затратить 600 000 Квт-час электроэнергии.
Пуск первой очереди был назначен на 1 сентября 1947 года. Но и эти сроки оказались нереальными. Из-за постоянного запаздывания проектной документации строительство хронически отставало от контрольных сроков. Да и оборудование ещё не было доработано. Пуск первой очереди состоялся только в апреле 1948 года. В ней было 256 разделительных машин типа ОК-7. Первоначально на них обучался обслуживающий персонал, отрабатывалась технология и проверялась работоспособность оборудования. К середине июля того же года было смонтировано уже четыре каскада по 126 ОК-7 в каждом. Машины, соединенные в блоки по 15-16 штук, располагались участками в герметичных металлических отсеках - каньонах.
Вводились в эксплуатацию новые каскады машин ОК-7, ОК-8 и ОК-9. И стремительно нарастали проблемы. Не выдерживали и сотнями "клинили" подшипники электроприводов, текла смазка. Персонал валился с ног, не в силах справиться с таким количеством неполадок. Для замены подшипника приходилось отключать от каскада целый блок машин, откачивать из него газ, перевозить в ремонтный цех. Затем процесс шел в обратном порядке. Теперь из машин выкачивали воздух, проверяли вакуумность и снова заполняли их газом. Люди начали терять веру вообще в возможность вывести завод на проектную мощность, а метод газодиффузионного разделения изотопов казался пригодным только для лабораторных процессов. Да тут ещё особисты и их добровольные помощники принялись искать "вредителей". Пуско-наладочные работы оказались полностью дезорганизованы.