Мчались годы, проходили века. Прихотливые повороты истории сказались на судьбе Нанива, ставшей свидетелем и неограниченной власти, и деспотизма первых царей, и борьбы за главенство среди честолюбивых претендентов царской фамилии, и возвышения соперничающих представителей бывшей родовой знати соседних районов, и, наконец, потери столицей своего прежнего блестящего положения.
Нара была построена руками рабов. Она поднялась среди зелени обширных парков-лесов. Изящные храмы, украшенные деревянной резьбой и драгоценными росписями дворцы, четкая планировка улиц, воспроизводивших геометрическую пропорциональность китайского города, покоряли. Тем не менее Нара оказалась не единственной и постоянной столицей Японии. В 784 г. она уступила свое место маленькому городку Мукомати, ставшему на десять лет столицей во время правления императора Камму (784–794). В 794 г. столица вновь была перенесена, на этот раз в Хэйан (нынешний Киото). Хэйан, прежде чем стать центром утонченной жизни «высшего света», литературы и искусства, долго отстраивался.
Между тем древняя Нанива постепенно все больше теряла свое былое значение и место в бурных, динамичных событиях политической и экономической жизни страны. Последние, еще сохранившиеся резиденции знати ветшали, наиболее энергичная часть населения переселялась в Нара и Хэйан, ремесленники перебирались в пригородные районы новых столиц. Даже морская торговля, всегда содействовавшая процветанию города, приходила в упадок. Все меньше привлекал торговцев пустеющий город, и суда все чаще предпочитали бросать якоря в удобной (теперь и это стало иметь значение) бухте соседнего города Сакаи. Постепенно основные торговые маршруты стали проходить через древний порт Сакаи, издавна славившийся торговыми связями с Китаем и странами Юго-Восточной Азии. Жизнь в Нанива то полностью замирала, то вновь возрождалась вокруг действующих храмов, привлекавших немало паломников, и припортового района, дававшего населению бывшей столицы надежду прокормиться.
Следует отметить, что, несмотря на потерю Нанива ее прежнего положения, она продолжала оставаться важным центром, сохраняя наряду с другими тремя городами особый административный статус. В тот период, когда столицу перенесли в Нара, она служила для знати постоянным местом отдыха. Богатые резиденции аристократов из императорского окружения постоянно реставрировались и украшались. Периодически в городе проводились большие строительные работы. Так, в год перенесения столицы в Хэйан в старой Нанива приступили к постройке канала. Он начинался от Эгути (современная Хигаси Ёдо), канал соединил воды рек Ёдо и Ай приблизительно в районе современного Тэннодзина (город Суйта).
Эти работы углубили русло Ёдо, и судовой путь стал более глубоководным. От места пересечения с Ай река стала называться Микуни (теперь Кандзаки) и превратилась в глубоководную артерию, позволяющую морским судам подниматься высоко по течению, почти к истокам. Прежние небольшие городки на ее берегах — Кавадзири, Кандзаки, Канидзима, Эгути — превратились в цветущие торговые центры. Основными портами, сосредоточившими внешнеторговые операции, стали в те годы Кавадзири (современный Амагасаки), Даймоцуура (также территория современного Амагасаки) и Хёго (современный Кобе).
Примерно в середине периода Хэйан (794–1192) утверждение и распространение официального курса рёбусинто привело к широкому формированию в центральной части Хонсю религиозных центров. Сооружались буддийские храмы, привлекавшие огромное число паломников. Многие из этих храмов строились в живописных горах, окружающих бухту Нанива. На склонах трех гор в Кумано (они были объявлены священными) выросло девяносто девять храмов буддийской секты Одзи. Одно из этих торжественных, богато декорированных сооружений — храм Ватанабэ Одзи был возведен в дельте Ёдо.
Прошло немало времени. Япония, раздираемая феодальными междоусобицами, переживала в XIV–XVI вв. период, красноречиво и многозначительно названный историками «эпохой воюющих государств». «Век крестьянских войн» — так определен в документах XV век. Непрерывные крестянские восстания и феодальные распри, бушевавшие в провинциях Сэцу (там была расположена Нанива), в соседних Кавати, Идзуми и Ямасиро, полностью и на длительный период лишили политической стабильности всю центральную часть Хонсю. В 1467 г. в Ямасиро (район современного Киото) во время междоусобной борьбы между представителями феодального дома Хатакэяма население, обессиленное и измотанное бесконечными распрями, подняло восстание. Восставшие разбили войска обоих враждующих представителей княжеского семейства и установили народное управление. В течение семи лет народное ополчение охраняло границы провинции и оберегало ее как от попыток Хатакэяма восстановить свою власть, так и от посягательств государственных чиновников, представлявших интересы феодального правительства бакуфу.