Сразу же после захвата Константинополя в 1453 г. перед султаном Мехмедом II встал вопрос, что делать с завоеванным греками и с православной церковью. Султан, как благочестивый мусульманин, не мог допустить христиан к участию в управлении империей. Однако он хотел, что б христиане жили в мире и процветании. Мусульманские правители всегда относились к религиозным меньшинствам в своих владениях как к милетам, то есть нациям, и позволяли им жить по своим законам и обычаям, а религиозная глава общины становился ее управителям, в задачу которого входило следить за исправным повиновением господствующей власти. По такому принципу управляли христианами в Халифате, в том числе общинами Восточных православных патриархов. Теперь эта система распространялась и на Константинопольский патриархат.
Церкви был нужен патриарх. Не мудрствуя лукаво, Мехмед II назначил монаха Геннадия константинопольским патриархом, поскольку «тень бога» могла обойтись и без всяких там Соборов.
Интронизация патриарха состоялась в первых числах января 1454 г. в церкви Святых Апостолов, поскольку Святая София была уже обращена в мечеть. 6 января Геннадий получил от султана знаки его служения – мантию, пастырский жезл и наперсный крест. Подлинный же крест был утерян: то ли константинопольский патриарх Григорий Маммас, уезжая в Рим, прихватил его с собой, то ли он пропал во время штурма города. Поэтому Мехмед даровал новый крест – серебряный с позолотой. При поставлении патриарха он сказал: «Будь патриархом, пусть тебе сопутствует удача, и будь уверен в нашем расположении, обладай всеми привилегиями, которыми пользовались патриархи до тебя».
Замечу, что никаких документов, определявших роль православной церкви в Оттоманской империи, до нас не дошло, хотя греческое духовенство весьма невнятно ссылается на какие-то султанские фирманы.
Как бы то ни было, сложилась практика – патриарх по согласовании с Синодом имел власть над церковной организацией, епископами и всеми церквями и монастырями, а также их имуществом. Султан только утверждал назначение епископов, но епископ не мог быть назначен или смещен без санкции патриарха и Синода. Только патриарший суд имел права в отношении клира. Турецкие власти без разрешения патриарха не имели права арестовывать или судить епископа. Патриарх по согласованию с Синодом контролировал все вопросы, связанные с догмами. Власть его над православными была почти абсолютной.
Патриарший суд решал все дела православных, связанные с их религией, как-то: браки, разводы, опекунство малолетних, завещания и наследство. Он же разбирал все финансовые споры между православными.
Христиане в Оттоманской империи облагались тяжелыми налогами, но клирики освобождались от них (иногда по своей воле они платили некоторые из податей). Патриарх мог собирать налоги с православных, а также деньги на нужды церкви. Жалобы на патриарха принимал только Синод, да и то лишь тогда, когда все члены Синода единогласно соглашались выслушать их.
Тем не менее, периодически султан и его чиновники грубо вмешивались в дела церкви и христианской общины. Так, Мехмед II вскоре отобрал у Геннадия храм Святых Апостолов, при котором находилась патриархия, и обратил его в мечеть, а патриархию пришлось перенести в церковь Всеблаженной. Патриарха Иосафа Кокку (1466–1468) Мехмед лишил бороды и низложил за то, что тот не дал разрешения фавориту Мехмеда, греку, на новый брак при жизни законной жены. Когда появилось много соискателей на патриарший престол, то Мехмед II наложил подать (паскезию), уплачиваемую патриархами при вступлении на кафедру (с 1469 г.), и хараджу (с 1474 г.), уплачиваемую ежегодно.
1601 г. резиденция константинопольского патриарха была перенесена в константинопольский район Фанар, населенный греками, рядом с церковью св. Георгия. Замечу, что район получил название за то, что в древние времена там находился маяк (фонарь). Кстати, деньги на обустройство новой резиденции патриарха в Фонаре дал Борис Годунов.