Одо де Лажери родился в благородном семействе в области Шатильон-сюр-Марн около 1042 года. Получать образование его послали в школу при Реймсском соборе под руководством святого Бруно, позднее основавшего орден картузианцев. Он остался в Реймсе, стал каноником, а затем архидиаконом собора, но все это его не удовлетворяло. Внезапно он решил уйти в Клюнийское аббатство. В 1070 году его принял туда аббат Гуго, распознавший его таланты. Он пробыл там некоторое время приором, а затем был переведен в Рим. Вскоре он получил возможность проявить себя, и в 1078 году Григорий VII назначил его кардиналом-епископом Остии. С 1082 по 1085 год он был легатом во Франции и Германии и по возвращении оставался с Григорием в последние несчастливые дни его папства. После смерти Григория в ссылке, когда в Риме царил антипапа Гиберт, верные кардиналы избрали вместо него слабого и не желавшего такой чести аббата Монте-Кассино, который взял имя Виктор III. Кардинал Остии не одобрил его избрания и не скрывал этого. Но папа Виктор не таил на него зла и на своем смертном одре в сентябре 1087 года рекомендовал кардиналам выбрать его своим преемником. Было известно, что и Григорий VII желал его восшествия, но конклав встретился в Террачине лишь в марте 1088 года, где и избрал его папой под именем Урбан II.
Урбан прекрасно подходил для своей задачи. У него была импозантная внешность, высокий рост, красивое лицо и борода, обходительные манеры и убедительная речь. Если ему и не хватало огня и целеустремленности Григория VII, то он превосходил своего предшественника широтой кругозора и умением общаться с людьми. Также он не был настолько горд и упрям, как Григорий, но не был и слаб. За свою верность папе и собственным убеждениям он отсидел в германском узилище по приказу Генриха IV. Он мог быть суров и безжалостен, но предпочитал действовать мягко, избегая споров, которые могли бы привести к озлоблению и распрям.
Ему досталось тяжелое наследство. Он мог спокойно жить только на территории нормандцев, а нормандцы были эгоистичными и ненадежными союзниками. Римом же владел антипапа Гиберт. Урбан мог проникнуть на римские окраины, но не прошел бы дальше без кровопролития, а он отказывался проливать кровь. На итальянском севере Матильда Тосканская упорно поддерживала его во всех своих обширных владениях. В 1089 году она укрепила свое положение, цинично заключив брак с германским герцогом Вельфом Баварским, мальчиком вдвое младше ее. Но в 1091 году германский король Генрих разбил ее войска в битве при Триконтае. Генрих был в расцвете своей силы. В 1084 году антипапа короновал его императором, и теперь он был владыкой Германии и одерживал победы в Северной Италии. Находясь в столь неуверенном положении, Урбан не мог рассчитывать на повиновение и других.
Но Урбан не опускал рук, проявляя упорство и дипломатичность, пока в 1093 году все не переменилось. С помощью денег, а не оружия он сумел провести в Риме Рождество этого года, а следующей весной обосновался в Латеранском дворце. Позиции императора Генриха ослабели из-за мятежа, поднятого его собственным сыном Конрадом, чье недовольство Урбан исподтишка подстегивал. На родине Урбана во Франции он благодаря своим организаторским способностям сумел взять под свой контроль всю церковную структуру. В Испании его влияние было наиболее сильным, и постепенно все более дальние страны Запада начинали признавать его духовный авторитет. Урбан забыл о притязаниях Григория VII на политическое господство. Со всеми мирскими князьями и государями, за исключением своих открытых врагов, он выказывал едва ли не безграничную сдержанность. К 1095 году он уже стал духовным властелином всего западного христианства.