Вскоре после этого король предложил Бекету сменить Теобальда на посту архиепископа Кентерберийского. Сам король был не слишком благочестив. Он хотел видеть в Кентербери сговорчивого священнослужителя, поддерживающего его власть, и рассудил, что Бекет по-прежнему останется королевским слугой и советником. В этом Генрих ошибался.
Характер Томаса Бекета всегда вызывал расхождения во мнениях. Его репутация святого великомученика затмевала все остальные его черты. Он был человеком, который всегда хотел играть значительную роль. Как и более поздний английский святой великомученик Томас Мор, Бекет всегда был на сцене. Он лишился своих двадцати четырех смен шелковых одежд и надел грубую рясу из мешковины, под которой копошились вши. Он жил на хлебе и воде и зарастал грязью. Внутри одного человека яростно боролись противоположности, и в этом отношении можно сказать, что он полностью отвечал средневековому духу. Бекет был горд и глуп, а также полностью уверен в своей правоте.
Едва став архиепископом в 1162 году, Бекет тут же начал противостоять королю. Он отказался давать шерифам Кентербери разрешение на отправку денег в королевскую казну, потом начал оспаривать решение короля о том, что священнослужителей, которых церковные суды признали виновными, следует передавать для наказания в руки светских властей. «У вас нет власти командовать епископами», — заявил Бекет. Но именно это король и хотел делать. Он собирался восстановить королевскую власть над английской церковью в стиле нормандских королей. Они не допускали вмешательства папы в дела Англии, а папские легаты могли въезжать в страну только по приглашению короля. Поведение Бекета как агента престола Святого Петра привело короля в ярость. Генрих не оспаривал священную власть церкви, он просто требовал, чтобы она не вмешивалась в права и обязанности трона.
Если король начинал гневаться, то гнев его был устрашающим. Злость была особенностью Анжуйской династии, черной и яростной силой, которая сметала все на их пути. Один придворный записал случай, когда «король, охваченный своим обычным гневом, сорвал с головы шляпу, порвал пояс, разорвал свой плащ и одежды, содрал шелковое покрывало с кушетки и сидел во всем этом, как будто в какой-то навозной куче, жуя соломину». Таков был человек, который стал смертельным врагом Томаса Бекета. Король вознамерился уничтожить епископа.
В начале 1164 года Генрих и его советники выпустили состоящие из шестнадцати пунктов так называемые Кларендонские постановления, в которых королевская власть противопоставлялась интересам и требованиям папы. Вначале Бекет согласился на эти предложения, явно покривив душой, но потом дал обратный ход, отказавшись подписать документ. Осенью того же года король созвал в Нортгемптоне совет, где присутствовали епископы и великие лорды королевства. На этот раз Бекет был обвинен в неуважении к двору и приговорен к штрафу, но король готовил дальнейшие меры. Бекету было приказано отчитаться за все средства, которые прошли через его руки как королевского канцлера, а также за те суммы, за которые он считался ответственным. Генрих не дал ему никакого пространства для маневра. Тогда Бекет решил эффектно обставить свое появление. Он въехал во двор зала заседаний Нортггемптона в своем официальном костюме, сжимая в руках большой крест.
Эта история стала широко известна и, возможно, при многочисленных пересказах обросла различными подробностями. Когда Бекет спешился, к нему подошли несколько епископов, которые попытались забрать у него крест.
— Если король будет размахивать своим мечом, — сказал один из них, — так, как ты сейчас размахиваешь своим крестом, то как можно надеяться на примирение между вами?
— Я знаю, что делаю, — ответил Бекет. — Я взял этот крест для защиты моей персоны и английской церкви именем Божьим.
Затем он вошел в зал, где запретил епископам выдвигать против него какие-либо обвинения. Король потребовал, чтобы только лорды объявили приговор архиепископу. Бекет отказался его выслушать.
— Каким бы я ни был, — заявил он, — я ваш пастырь, а вы владельцы имений, носители власти, светские люди. Я не буду слушать ваших суждений.
Он вышел из зала с крестом в руке, провожаемый криками «Предатель!». Вскоре после этого Бекет тайно покинул страну.