Однажды его учитель колдовства сказал: «Я узнал о том, что мы вызвали много страданий. Или ты оставайся с моей женой, а я пойду учиться, как трансформировать вред, или я останусь, а ты иди. Одному из нас следует сделать что-нибудь благоразумное». Видимо, жена не совсем пришлась Миларепе по вкусу, и он отправился в путь. Сначала он пришёл к учителю, который дал ему посвящение на красно-чёрного Защитника со словами: «Если будешь заниматься практикой утром, то станешь просветлённым пополудни; если будешь медитировать днём, то станешь просветлённым вечером». Миларепа про себя подумал: «Хорошо, у меня, значит, достаточно времени», и улёгся спать. Лама застал его спящим, разбудил и сказал: «Очевидно, у меня нет с тобой необходимой связи, чтобы дать тебе мотивацию, но в своей медитации я почувствовал, что учитель по имени Марпа действительно сможет тебе помочь». Услышав имя Марпы, Миларепа чуть не потерял сознание от чувства преданности и тут же отправился к нему. Он встретил Марпу, когда тот собирался вспахать участок земли, чего не делал уже много лет. Миларепа не узнал его и спросил, может ли он познакомить его с Марпой. Тот ответил: «Я тебя ему представлю, только сначала вспаши это поле. Вот пиво для тебя». Миларепа вспахал поле и выпил всё пиво. Это было хорошим знаком того, что он сможет перенять все поучения.
Его ученичество у Марпы состояло из сплошного страдания. Он прочищался насквозь. Мысль о том, что после смерти он окажется в состоянии мании преследования с впечатлением о тридцати пяти убитых, заставляла его всё выдерживать. Он не знал никого другого, кто, как Марпа, обладал средствами, способными привести к Просветлению за одну жизнь.
Очищение часто происходило по одному и тому же образцу. Марпа просил Миларепу построить дом особой формы, обещая по завершении строительства дать поучения. Миларепа вкалывал как лошадь, его живот и спина покрывались ранами от перетаскивания камней. И вот проходит мимо Марпа и спрашивает: «Что это ты тут делаешь?» Миларепа в ответ: «Строю для тебя дом. Ты пообещал, что, когда построю, ты дашь мне освобождающие поучения». «Но это – ужасный дом, – возражает Марпа. – Скорее всего, я был пьян, когда давал тебе такое поручение. Так что снеси его, отнеси камни обратно, и построй новый дом – вон там! Тогда получишь поучения, которые хотел». Так, строя и снося дома (соответствовавшие формам четырёх Будда-активностей), Миларепа проходил внешнее, а через разочарования -внутреннее очищение. Последние постройки -огромный зал и одиннадцатиэтажная башня -стоят до сих пор. Но больнее всего Миларепе было оттого, что многочисленные ученики, приходившие отовсюду к Марпе, получали высокие поучения и посвящения, а его всё время с них выгоняли. Активность Марпы дополняла Дагмема, его главная жена, постоянно пытаясь помочь Миларепе попасть на посвящения. Это вызывало в нём доверие и открытость, и тем болезненнее был очередной вылет за дверь. Миларепа очень быстро развивался между этими двумя полюсами. Однажды, после одной особенно скверной ситуации, Марпа произнёс: «Позовите великого чародея. Он сегодня -главный гость». Вместе с Дагмемой, он дал Миларепе всю передачу тела, речи и ума. Он преобразовал вибрации своего тела так, что из твёрдой материи оно превратилось в энергию и свет, и Миларепа совершенно ясно увидел в пяти внутренних центрах Марпы круги силы Будд.