В период весенних дождей в пустыне развивается и быстро (в течение четырех-пяти недель) заканчивает вегетацию эфемеровая и эфемероидная растительность, чья адаптация к условиям зоны и состоит в очень высоком темпе развития. Разнообразие эфемеров довольно значительно. Их насчитывают около 300 видов, относящихся преимущественно к семействам Крестоцветные, Лютиковые, Бурачниковые, Злаки, Маковые.
Несмотря на суровые климатические условия, в благоприятные годы в пустыне получают хороший урожай зерновых без полива. Однако устойчивые урожаи возможны только при поливном земледелии.
В зависимости от почвенного покрова и механического состава поверхностных отложений различают глинистые, песчаные, солончаковые, щебнистые и гипсовые пустыни, которым соответствуют различные типы пустынных сообществ.
Глинистые пустыни занимают около 1/3 всей территории Средней Азии. Они простираются от Каспийского моря на юго-восток до южных государственных границ Туркменистана и Таджикистана. Только в районе Аральского моря и оз. Балхаш вклинивается песчаная пустыня. Из древесных растений встречаются заросли Саксаула черного.
В травяном покрове доминируют полыни: Полынь поздняя, П. белоземельная, П. одностолбиковая, П. цитварная и др. В пределах глинистой пустыни наиболее широко распространены Полынь белоземельная и Анабазис солончаковый, или биюргун. Встречаются также мхи, цианобактерии (носток), лишайники и грибы.
В растительном покрове глинистых пустынь наиболее широко представлены комплексы: полынно-биюргуновый, полынно-кокпековый, полынно-итсегековый, полынно-саксауловый. Нередко встречаются участки с господством Анабазиса безлистного, или итсегека, А. солончакового или биюргуна, Лебеды серой, или кокпека. У южных границ глинистой пустыни (предгорья Западного Тянь-Шаня, Памиро-Алая и Копетдага) весной развивается плотный растительный покров из эфемеров и эфемероидов. Пышный весенний растительный покров подзоны, хотя и недолговечный, представляет большую ценность для животноводства.
Массив песчаной пустыни не монолитный. В северной подзоне дислоцированы песчаные пустыни: Северные Каракумы, Большие и Малые Барсуки, Муюн-кумы и др. В южной подзоне наиболее обширны Каракумы, Кызылкумы.
Для песчаных массивов характерны комплексы великолепно приспособленных для жизни в рассматриваемых условиях растений-псаммофитов. Относительно хорошее почвенно-грунтовое увлажнение, многообразие песчаных форм рельефа (различные типы барханов, межбарханные понижения и др.) обеспечивают разнообразие формирующейся здесь растительности. Широко представлены не только оригинальные травянистые жизненные формы, но и кустарники, деревья, нередко формирующие густые заросли. Основу составляют Саксаул белый, в пониженных местах – Саксаул черный, разные виды Джузгуна. Травяной покров содержит много ценных кормовых растений: Кохия простертая (изень), Житняк сибирский, Осока уральская и О. вздутая или илак. Именно в песчаных пустынях исторически сложилось промышленное каракулеводство.
Щебнистые и гипсовые пустыни, как и песчаные, дислоцированы в северной и южной подзонах. Общая их площадь составляет около 35 тыс. км2
. Основные массивы этих пустынь представляют Устюрт и Бетпак-Дала, а также северо-западные чинки (обрывы края плато) Кызылкумов.В растительном покрове часто встречаются Солянка деревцевидная, или боялыч, Полынь белоземельная и П. туранская, Курчавка колючая, Вьюнок кустарниковый, Нанофитон ежовый, или тас-биюргун, Ковыль Лессинга, типчак.
В щебнистых пустынях северного типа, которые иногда считают полустепью или северной подзоной пустыни, доминирует полынно-боялычная формация. В растительном покрове нередки суккуленты, особенно стеблевые. Преобладающая жизненная форма – ксерофитные полукустарники. В составе флоры не более 1000 видов. Для отдельных каменистых плато видовой состав бывает и еще более скромен: для Устюрта – 250 видов, для Бетпак-Дала – 500 видов.
Солончаковые пустыни занимают площадь около 116 000 км2
. В пределах зоны пустынь они развиваются преимущественно на речных террасах Сырдарьи, Амударьи (северная подзона), Мургаба и Теджена (южная подзона). Солончаковые пустыни своим происхождением связаны с депрессиями (понижениями) рельефа, куда стекают атмосферные осадки. Основу засоления создают хлориды (поваренная соль) и сульфаты.По внешнему виду растительность солончаковых пустынь очень разнообразна и представлена растениями, приспособленными к жизни на солончаках при высочайшей концентрации солей в почвенной влаге (галофиты). Большинство из них эугалофиты, т. е. ксерофитные суккуленты, обладающие хорошо выраженной устойчивостью к высокой концентрации солей: Сарсазан шишковатый, Соляноколосник прикаспийский, или караборак, Солерос травянистый, итсегек, сюда же относят многие виды родов Солянка, Сведа и др. К криногалофитам (солевыделителям) относят виды Гребенщика (Тамарикс), Франкений, а также своеобразный солончаковый злак – Прибрежницу приморскую.
Солончаковые пустыни подразделяют на