Далее рассмотрение мира идет в обратном порядке – от простого к сложному, от неживого к живому, при этом активно используются положения «язычника» Аристотеля. Поскольку Дух лежит в основании всего бытия, то он и пронизывает все бытие. Но степень его выражения разная: на уровне неживой природы Дух мертв. Появление растительного царства на базе мертвой природы – свидетельство того, что Дух проявился, придал растительным формам свойство жизни, размножения. Сложившийся на базе растительного царства мир животных – это уже новая ступень проявления Духа, поскольку животные не только растут и размножаются, но и имеют другие признаки, недоступные растениям: передвижение, чувствование, желания и волю.
Высшим ярусом природы выступает человек, в котором духовность проявляется уже как божественная душа. Он несет в себе все признаки неживого, растительного и животного царств природы, а душа его не только живая и волевая, но ещё и разумная, знающая прошлое и будущее, имеющая представление о высшем. Такое проявление изначально мертвой души неживой природы в разумно-нравственной душе человеческой говорит о том, что весь материальный мир стремится к высшей одухотворенности, к Богу. В результате такого рассмотрения материального бытия от сложного к простому и обратно – от простого к сложному, мы одинаково упираемся в Божество. Вся природа, её многоярусность доказывают нам и бывшее ранее творение мира Богом, и его грядущее исчезновение в день Страшного суда. Природа является не только весомейшим аргументом в пользу бытия Бога, но и зримым подтверждением раскрываемой в Библии картины божественного творения бытия. Эта аргументация в пользу истинности религии, религиозной картины мира в глазах теологов средневековья казалась неопровержимой. Этим и объясняется тот почет, каким окружила католическая церковь Фому Аквинского не только при жизни, но и после смерти, вплоть до настоящего времени.
Аквинский, в отличие от недалеких богословов своего времени, уважительно относился к философии, считая её не служанкой, а вернейшей помощницей богословию. Его основной работой является неоконченная «Сумма теологии», которая, по замыслу автора, должна была стать своего рода энциклопедией богословия и доказательством истинности теоцентрического мировоззрения. Надо полагать, что подобная «энциклопедия» могла бы получиться, поскольку автор умер в расцвете своего творческого таланта. Приводим несколько мыслей из этой работы.
«Для спасения человечества было необходимо, чтобы сверх философских дисциплин, которые основываются на человеческом разуме, существовала некоторая наука, основанная на божественном откровении; это было необходимо прежде всего потому, что человек соотнесен с Богом как с некоторой своей целью... Между тем должно, чтобы цель была заранее известна людям, дабы они соотносили с ней свои усилия и действия. Отсюда следует, что человеку для своего спасения необходимо знать нечто такое, что ускользает от его разума, через божественное откровение...».
«Теология может взять нечто от философских дисциплин, но не потому, что испытывает в этом необходимость, а лишь для большей доходчивости преподаваемых ею положений. Ведь основания свои она заимствует не от других наук, но непосредственно от Бога через откровение». Теологии, доказывает Фома, легче опираться на данные естественных наук потому, что они ведут речь о предметах, доступных нашему разуму. А отсюда нам уже легче подниматься в мысли к предметам недоступным – к Богу».
Как можно видеть, при всем своем уважении к философии Аквинский отводит ей всего лишь подсобную роль – постигать «доступные» предметы, чтобы от них сделать переход к «недоступному». Из прежних мыслителей Фома активно использовал наследие Аристотеля, а вот философию его учителя Платона обошел молчанием, поскольку платонизм можно истолковывать и как «языческий» вариант откровения, и как «смутный» пантеизм, когда идея Бога теряется в Едином, а само Единое как «идея Блага» оказывается сопричастным и миру идей, и миру вещей. Однако выдвинутое Аквинским доказательство бытия Бога своей новизной отличалось от традиционных схоластических рассуждений, когда недостаток аргументов восполнялся обилием ссылок на непререкаемые авторитеты, против которых было просто опасно возражать. Доказательство Аквинского не противоречило ни церковным догматам, ни Священному Писанию, а в истинности мог убедиться каждый желающий, для чего было достаточно выглянуть из окна монашеской кельи.