Власть над колонией постепенно и юридически переходила к Австралийскому Союзу. 15 марта 1902 г. британское правительство утвердило акт о своем согласии передать управление колонией Австралии. Но прошло 16 месяцев, прежде чем премьер-министр Австралии Бар-тон представил в федеральный парламент законопроект об управлении колонией. Парламент рассмотрел законопроект лишь в июле 1904 г. К этому времени правительство Бартона пало и законопроект представляло новое правительство во главе с Уотсоном. Пока шло рассмотрение билля, пало и правительство Уотсона. Его сменило правительство Рейда. Но и оно успело уйти в отставку до конца обсуждения законопроекта. Проект был одобрен в ноябре 1905 г. при правительстве А. Дикина. Затем потребовалось еще 10 месяцев для опубликования соответствующего акта, что и произошло в сентябре 1906 г.
Таким образом, в 1906 г. право управления Британской Новой Гвинеей юридически было передано Австралийскому Союзу, колония получила новое официальное название - Папуа. Акт 1906 г. об управлении Папуа оставался без изменений до 1949 г.
Согласно акту, во главе колонии стоял лейтенант-губернатор, назначавшийся генерал-губернатором Австралии и только перед ним ответственный. Количество членов в Законодательном и Исполнительном советах несколько увеличивалось. В Законодательный совет теперь входило шесть человек. Все они по-прежнему являлись чиновниками колониальной администрации. Позднее в его состав было включено еще три неофициальных члена, назначавшихся лейтенант-губернатором. Выборные члены появились лишь после второй мировой войны.
Столь длительная задержка с утверждением законопроекта об управлении колонией объяснялась не тем, что австралийские парламентарии старались выработать наиболее продуманную и эффективную систему, а их незнанием предмета обсуждения и нежеланием вникнуть в действительные нужды колонии. Ораторов выступало бесконечное множество, а выдвигавшиеся ими идеи порой поражали своей курьезностью.
Все это время в Британской Новой Гвинее положение оставалось без каких-либо обнадеживающих перемен. Вместо покинувшего колонию Ле Ханта, занявшего пост губернатора штата Южная Австралия, во главе администрации временно был поставлен С. Робинсон, молодой юрист из Квинсленда. Он продержался на этом посту лишь один год. В начале 1904 г. Робинсон поехал в район Гоарибари, чтобы расследовать убийство миссионеров папуасами. В ходе разбирательства Робинсон действовал с крайней жестокостью, приведшей к столкновению с коренными жителями, несколько человек из которых погибло. Сведения об этом попали в австралийские газеты. Вспыхнул публичный скандал, и правительство Австралии вынуждено было создать специальную комиссию для расследования происшествия.
Еще в феврале 1904 г. австралийский премьер-министр А. Дикин вместо Робинсона назначил администратором колонии Ф. Бартона (прежде Бартон занимал пост начальника новогвинейской полиции). Бартон очень быстро вошел в острый конфликт с чиновниками администрации и вообще с белым населением колонии. Конфликт разрастался, и правительство Австралии назначило комиссию теперь уже для расследования положения дел в колонии. Комиссия три месяца вела работу и подтвердила, что Бартон не способен управлять Папуа, что у него крайне плохие отношения с европейской частью населения, которое он делит на "любимчиков" и "постылых". Показания против Бартона давал Д. Г. Муррей, юрист колонии. Он отозвался о Бартоне, как о "человеке слабом и подверженном чужим влияниям", который никак не может стоять во главе администрации.
Комиссия также отметила неспособность администрации как-то оживить экономику колонии. К этому времени, действительно, ничего нового не было сделано в экономической области. Если экспорт колонии и вырос несколько, составив к 1905 г. 134,4 тыс. долл., то только за счет вывоза золота. Импорт же тогда оставался на уровне 152,9 тыс. долл. Комиссия всячески рекомендовала поощрять ввоз иностранного капитала, развитие европейских плантационных хозяйств и т. д.
Правительство Австралии начало искать замену Бартону. А. Дикин обратился к У. Мак-Грегору, занимавшему тогда пост губернатора Ньюфаундленда, с просьбами вновь возглавить управление в Новой Гвинее. Конфиденциальные переговоры Дикина с Мак-Грегором сделались известны австралийской публике. Возникла сильнейшая оппозиция, настаивавшая на том, чтобы главой администрации стал австралиец, а не англичанин. Тогда Дикин выбрал Д. Г. Муррея, и последний был временно назначен в начале 1907 г. лейтенант-губернатором колонии, а в 1908 г. утвержден в этой должности.