11 марта 2003 г. был создан Государственный комитет по оборонному заказу при Министерстве обороны РФ (Госкомоборонзаказ). Комитету поручено отвечать за проведение единой государственной политики в области разработки, производства, унификации и стандартизации вооружения и военной техники общего назначения. Председателем комитета в ранге первого замминистра обороны назначен еще один чекист и коллега Путина – бывший директор ФАПСИ Владимир Матюхин. В марте руководство «Рособоронэкспорта» направило в администрацию президента и правительство предложение об акционировании своего предприятия, передаче 100% его акций государству и создании на базе ОАО «Рособоронэкспорт» системообразующего холдинга в области ВТС. Было предложено передать в ОАО «Рособоронэкспорт» блокирующие пакеты акций (25% плюс одна) основных предприятий ВПК. 19 апреля Владимир Путин подписал указ о назначении генерал-майора Александра Бурутина, служившего до этого в Главном оперативном управлении Генштаба, своим советником по вопросам военно-технической политики. В его ведение попали проблемы реформирования ВПК, гособоронзаказ и ВТС. 24 апреля Владимир Путин назначил вице-премьером по промышленной политике Бориса Алешина. В его ведение попала часть функций, которые ранее выполнял Илья Клебанов.
17 июня вице-премьер Борис Алешин объявил о планах создания в течение двух лет объединенной самолетостроительной корпорации, в которую должны войти все разработчики и изготовители военных и гражданских самолетов. Сначала предполагалось создать частно-государственный консорциум с управляющей компанией, доля государства в которой составит от 25,5% до 51%. Затем должна быть образована корпоративная структура в виде холдинговой компании. В августе 2003 г. гендиректором концерна ПВО «Алмаз-Антей» был назначен еще один чекист – выходец из Санкт-Петербурга генерал-майор ФСБ Владислав Меньшиков. 29 сентября на заседании правительства Владимир Путин вновь раскритиковал послепродажное обслуживание военной техники, поставленной за рубеж. Вслед за этим глава КВТС Михаил Дмитриев объявил, что его комитет приостановит выдачу лицензий на самостоятельную поставку запчастей и проведение техобслуживания. В итоге такое право получили лишь 14 предприятий из 46 намеченных. 1 октября завершено юридическое оформление АХК «Сухой», 100% акций которой принадлежат государству. Президентом компании назначен Михаил Погосян, занимавший до этого пост главного конструктора КБ Сухого. 4 ноября Михаил Касьянов освободил от должности гендиректора и генконструктора РСК МиГ Николая Никитина. Официально Никитину поставлены в вину серьезные финансовые проблемы корпорации и провал выполнения программы производства пассажирских самолетов Ту-334. 14 ноября на пост гендиректора-генконструктора РСК МиГ назначен заместитель гендиректора АХК «Сухой» Валерий Торянин. Смена руководства МиГа произошла накануне подписания компанией двух крупных контрактов на общую сумму более $1,5 млрд. 4 ноября 2003 г. В. Путин подписал указ о хозяйственном подчинении «Рособоронэкспорта» КВТС. Президент оставил за собой право назначать и снимать гендиректора предприятия. Этот указ похоронил планы руководства «Рособоронэкспорта» по акционированию предприятия.