29 июля Политбюро ЦК РКП(б) решило «считать необходимым, прежде всего по политическим соображениям, выделение молдавского населения в специальную автономную республику в составе УССР и предложить ЦК КПУ дать соответствующие директивы украинским советским органам». Соответственно, 2 августа Политбюро ЦК КП(б)У утвердило развернутый план мероприятий по этому вопросу. 25 сентября Политбюро ЦК указало, что «в акте создания Автономной Молдавской Советской Социалистической Республики должно быть обозначено, что западной ее границей является государственная граница Союза ССР» — то есть реки Прут и Дунай. Решением III сессии Всеукраинского ЦИКа VIII созыва 12 октября была образована Молдавская автономная ССР в составе УССР. Всего новая автономия охватывала 11 районов площадью в 8,1 тыс. кв. км и населением в 545,6 тыс. человек, ее столицей стал город Балта (с 1929 г. перенесена в Тирасполь). В акте ВУЦИКа об образовании МАССР указывалось, что «западная граница этой республики есть государственная граница СССР; мы считаем этой границей не Днестр, а Прут. Пусть временно капиталисты держат в своих руках Бессарабию — это вопрос факта, но не права. Права же на нашей стороне. На нашей карте красной краской обведена и Бессарабия, ибо Бессарабия должна стать неразрывной частью АМССР». Указывая на международное значение образования МАССР, «Правда» писала: «У ворот Румынии, где свирепствует самая черносотенная в Европе буржуазия, зажглась советская звезда. Ее лучи будут светить далеко на Запад, и она будет служить путеводной звездой всему населению Бессарабии и пролетариату Румынии».
В Бессарабии продолжалась подпольная борьба с румынским господством. Во всех уездах края существовали кружки и ячейки, занимавшиеся распространением нелегальных газет, листовок, воззваний и т. п. К концу 1923 г. в Татарбунарах был создан Южнобессарабский подпольный революционный комитет, начавший подготовку восстания. В ночь на 11 сентября 1924 г. в селе Николаевка произошла стычка повстанцев с жандармами, которым удалось арестовать большинство подпольщиков и захватить материалы, свидетельствующие о наличии на юге Бессарабии революционной подпольной организации. Румынские власти стали стягивать на юг войска. 14 сентября руководство повстанцев решило ускорить начало восстания. Утром 16 сентября в Татарбунарах началось восстание и была провозглашена советская власть. Повстанцы заняли села Акмагнит, Михайловка и Чишмя, где произошли столкновения с румынскими жандармами и войсками, но всеобщего восстания в крае, на которое они рассчитывали, не произошло. 17–18 сентября румынские войска разгромили повстанцев и устроили расправу с населением, в ходе которой погибло свыше 3 тыс. человек. Эти события получили большой резонанс в Европе, убедительно показав лживость утверждений румынского правительства о «добровольном» стремлении бессарабского населения к объединению с Румынией.
Расследованием произошедших событий занимались не только румынские спецслужбы, но и структуры Коминтерна. В итоге выяснилось, что инициаторами восстания стали руководитель Южнобессарабского ревкома А. Клюшников (Ненин) и объявивший себя руководителем восстания О. Поляков (Платов). Естественно, румынская сторона стремилась доказать, что восстание стало результатом «происков Кремля», но документы ИККИ позволяют утверждать, что восстание было личной инициативой названных деятелей подполья, которые в определенной степени дезинформировали Москву. Более того, стремясь поднять восстание, его руководители в своих воззваниях заявляли об обещанной им помощи Красной армии, что было откровенной ложью. Видимо, не случайно 25 февраля 1925 г. советское руководство решило отказаться от привычных форм «активной разведки» (диверсионные, военно-подрывные группы и т. п.) и полностью перестроить заграничную деятельность военной разведки.