Эти сведения были известны Сталину, но напряжение предвоенных месяцев не позволило принять по ним серьезных практических мер.
Война с фашистской Германией вынудила сократить работы в данном направлении. Для советских ученых возникло немало организационных трудностей в связи с эвакуацией многих ведущих научных институтов в глубь страны. Часть ученых ушли на фронт, а оставшиеся работали на нужды фронта. Тем не менее, несмотря на голод, холод, отсутствие бытовых условия, ядерные исследования продолжались.
Из ЛФТИ многих взяли в армию. Игорь Васильевич Курчатов хотел уйти добровольцем, но военкомат в просьбе ему отказал, для него было приготовлено более нужное дело. В начале войны немцы забросали выходы из наших гаваней в Балтийском и Черном морях магнитными минами. Чтобы справиться с этой угрозой, собрали научную группу, в ее состав включили и Курчатова, где он стал во главе научной мысли. В короткое время группа разработала и внедрила на кораблях обоих морей системы размагничивания корпусов кораблей. Теперь морякам не страшны стали магнитные мины, и они смело выходили на задания. За эту научную и практическую оборонную работу И. В. Курчатов получил Сталинскую премию первой степени.
В то время, как Курчатов размагничивал корабли, его ученик и последователь лейтенант Георгий Флеров нес аэродромную службу – готовил к полетам пикирующие бомбардировщики Пе-2. Однако мысли об атомной бомбе не давали ему покоя. Он не раз обращался к ученым и в правительственные органы с предложениями о возобновлении прерванных войною работ по урану. В декабре 1941 года Флеров пишет письмо Курчатову, где на последней странице помещает от руки сделанный чертеж урановой атомной бомбы такой же, какую американцы взорвали над Хиросимой. Здесь толстостенный ствол, одна подвижная, другая неподвижная полусферы из урана-235. За подвижной полусферой размещен заряд обычного взрывчатого вещества. Все как у американцев, только значительно раньше их.
В апреле 1942 года Г.Н. Флеров обращается непосредственно к Сталину.
В августе 1942 года Г. Флеров был отозван из армии для продолжения ядерных исследований.
В это же время начали поступать тревожная информация нашей советской разведки. Первое сообщение в ГРУ поступило из Лондона осенью 1941 года: англичане ведут работы по созданию атомной бомбы, обладающей огромной разрушительной силой. В декабре 1941 года в Разведуправление Красной Армии из Лондона поступил еще один доклад по урановой тематике. В январе 1942 года поступил новый секретный доклад о ходе работ британских физиков. Л. Берия неоднократно докладывал Сталину об активизации работ в области ядерного оружия, но тяжелейшее положение на фронтах не давало ему сосредоточиться на этой проблеме.
Разведуправление решило направить письмо руководителю спецотдела Академии наук СССР М. Евдокимову, который мог дать квалифицированную рекомендацию о том, как использовать информацию по урановой тематике. Такое письмо был отправлено 7 мая 1942 года. В нем, в частности, говорилось следующее:
Через месяц, а точнее, 10 июня 1942 года начальник ГРУ получил письмо от В.Г. Хлопина. Вот что сообщил академик: