В 1922–1924 годы Коноплева работала в 4-м Управлении штаба РККА; читала лекции по взрывному делу на курсах оперативных работников ГПУ. Ее арестовали в Москве 30 апреля 1937 года «за хранение архива партии правых эсеров» (тех документов, которые она собирала и готовила для процесса эсеров 1922 года, в котором участвовала как сотрудник госбезопасности), обвинили в связях с Бухариным и Семеновым, к этому времени арестованным, и расстреляли 13 июля 1937 года.
Семенов служил в разведуправлении РККА. Из крупных поручений, лежавших на нем до 1922 года, были организация террористических актов против Колчака и Деникина. В 1927 году Семенов был послан резидентом советской разведки в Китай. 11 февраля 1937 года его арестовали и обвинили в том, что с 1928 года он являлся участником антисоветской организации правых, был связан с Бухариным, состоял руководителем «боевой и террористической организации правых», по поручению Бухарина «создал ряд террористических групп из числа бывших эсеров-боевиков», «силами этих групп подготавливал совершение терактов против руководства ВКП(б) и советского правительства».
8 октября 1937 года военная коллегия Верховного суда приговорила Семенова к расстрелу и в тот же день расстреляла.
Заявления о том, что к покушению на Ленина в августе 1918 года имели отношение высшие советские руководители, прежде всего Бухарин, впервые прозвучали в 1938 году, во время процесса над Бухариным. Не позднее января 1937 года НКВД стал собирать материал для процесса против Бухарина и в этой связи арестовал Семенова и Коноплеву. Положение Бухарина усугублялось тем, что именно он в рамках разыгранного в 1922 году советской властью на процессе эсеров спектакля выступал «защитником» Семенова. 20 февраля 1937 года Бухарин пробовал объясниться по этому пункту обвинений в письме к пленуму ЦК ВКП(б):
Поскольку Сталина при подготовке процесса над Бухариным меньше всего интересовала истина, опровержение Бухарина ничего не меняло, и на процессе «антисоветского право-троцкистского блока» 1938 года государственный обвинитель А. Я. Вышинский продолжал утверждать, что террористические директивы Семенов получал лично от Бухарина. Чуть позже Большая советская энциклопедия расставила соответствующие акценты:
В 1938 году многих удивило, что это самое страшное обвинение Бухарин опровергать не стал.